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- PDB-6x1t: Structure of pHis Fab (SC50-3) in complex with pHis mimetic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1t
タイトルStructure of pHis Fab (SC50-3) in complex with pHis mimetic peptide
要素
  • NM23-1-pTza peptide
  • SC50-3 Heavy chain
  • SC50-3 Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Anti-phosphohistidine antibody / post-translational modification
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kalagiri, R. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Hunter, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for differential recognition of phosphohistidine-containing peptides by 1-pHis and 3-pHis monoclonal antibodies.
著者: Kalagiri, R. / Stanfield, R.L. / Meisenhelder, J. / La Clair, J.J. / Fuhs, S.R. / Wilson, I.A. / Hunter, T.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: SC50-3 Heavy chain
L: SC50-3 Light chain
A: SC50-3 Heavy chain
B: SC50-3 Light chain
C: SC50-3 Heavy chain
D: SC50-3 Light chain
E: SC50-3 Heavy chain
F: SC50-3 Light chain
G: SC50-3 Heavy chain
I: SC50-3 Light chain
J: SC50-3 Heavy chain
K: SC50-3 Light chain
M: NM23-1-pTza peptide
N: NM23-1-pTza peptide
O: NM23-1-pTza peptide
P: NM23-1-pTza peptide
Q: NM23-1-pTza peptide
R: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,53235
ポリマ－286,98618
非ポリマー3,54617
水3,873215
1
H: SC50-3 Heavy chain
L: SC50-3 Light chain
M: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4486
ポリマ－47,8313
非ポリマー6173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SC50-3 Heavy chain
B: SC50-3 Light chain
N: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4985
ポリマ－47,8313
非ポリマー6672
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SC50-3 Heavy chain
D: SC50-3 Light chain
O: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4486
ポリマ－47,8313
非ポリマー6173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: SC50-3 Heavy chain
F: SC50-3 Light chain
Q: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6408
ポリマ－47,8313
非ポリマー8095
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
G: SC50-3 Heavy chain
I: SC50-3 Light chain
R: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4486
ポリマ－47,8313
非ポリマー6173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
J: SC50-3 Heavy chain
K: SC50-3 Light chain
P: NM23-1-pTza peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0524
ポリマ－47,8313
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.822, 199.666, 204.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 MNOPQR

#3: タンパク質・ペプチド
NM23-1-pTza peptide


分子量: 1080.030 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 2種, 12分子 HACEGJLBDFIK

#1: 抗体
SC50-3 Heavy chain


分子量: 24057.916 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
SC50-3 Light chain


分子量: 22693.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 6分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 226分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03315 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→49.62 Å / Num. obs: 155051 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 41.69 Å2 / CC1/2: 0.858 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.34→2.39 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 1.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7691 / CC1/2: 0.344 / Rpim(I) all: 0.526 / Rrim(I) all: 1.77 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dtf

5dtf


解像度: 2.34→49.62 Å / SU ML: 0.3482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6617
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 7567 4.89 %
Rwork0.244 147220 -
obs0.2452 154787 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19510 0 219 215 19944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003120285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.681427842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04663387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00373509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.54137110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.370.36611860.35544100X-RAY DIFFRACTION82.61
2.37-2.390.382260.33964867X-RAY DIFFRACTION99.98
2.39-2.420.34122590.32244907X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.450.33942520.31474858X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.490.34592840.31234904X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.520.33712540.30484882X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.560.3232720.30064861X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.590.34312370.29834881X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.630.37222380.29124962X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.680.3392220.28914891X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.720.33542270.28534965X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.770.34332400.28834903X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.830.35332690.2874856X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.880.31492580.29164938X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.950.32522660.28054866X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.020.31452520.28434930X-RAY DIFFRACTION99.98
3.02-3.090.30462740.27684908X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.170.30292330.26894913X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.270.30052430.26994932X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.370.27782580.26844930X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.490.28892410.25884971X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.630.26442570.24784935X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.80.27552740.23814916X-RAY DIFFRACTION100
3.8-40.2612780.23084959X-RAY DIFFRACTION100
4-4.250.23822460.2064962X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.580.19452420.18394998X-RAY DIFFRACTION100
4.58-5.040.20472910.17964989X-RAY DIFFRACTION100
5.04-5.770.20222660.19925012X-RAY DIFFRACTION100
5.77-7.260.23492700.22435070X-RAY DIFFRACTION99.93
7.26-49.620.21072520.20455154X-RAY DIFFRACTION97.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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