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- PDB-4iz9: Crystal structure of an acetate kinase from Mycobacterium avium b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iz9
タイトルCrystal structure of an acetate kinase from Mycobacterium avium bound to an unknown acid-ApCpp conjugate and manganese
要素Acetate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / AckA / propionate kinase / acid-kinase / ATP-dependent / non-hydrolyzable ATP analog / anomalous manganese signal / unknown conjugate
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate kinase / organic acid metabolic process / acetate kinase activity / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / SUCCINIC ACID / Acetate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2013年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5788
ポリマ－41,6511
非ポリマー9277
水5,405300
1
A: Acetate kinase
ヘテロ分子

A: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,15516
ポリマ－83,3022
非ポリマー1,85314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.770, 95.770, 141.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-707-

HOH

21A-708-

HOH

31A-754-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acetate kinase / Acetokinase


分子量: 41651.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア)
株: 104 / 遺伝子: ackA / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QLU8, acetate kinase

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非ポリマー , 5種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MyavA.00640.a.A1 PS00663 at 20 mg/mL with 2 mM ApCpp and 2 mM MnCl2 against PACT screen condition A4, 0.1 M SPG buffer pH 7.0, 25% PEG 3350 and 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal ...詳細: MyavA.00640.a.A1 PS00663 at 20 mg/mL with 2 mM ApCpp and 2 mM MnCl2 against PACT screen condition A4, 0.1 M SPG buffer pH 7.0, 25% PEG 3350 and 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 236958a4, unique puck ID lqa0-2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 44007 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 34.164 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 17.92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.98-2.260.5246.34348222489100
2.26-2.320.4327.5833602239499.8
2.32-2.390.3738.3633324234599.9
2.39-2.460.3448.8732546228199.9
2.46-2.540.3099.4531460220299.9
2.54-2.630.25510.88304182127100
2.63-2.730.22611.8429591207499.9
2.73-2.840.19512.5828574199399.9
2.84-2.970.18612.5827649192099.9
2.97-3.110.15414.9264421841100
3.11-3.280.12818.95251241756100
3.28-3.480.10424.44234931664100
3.48-3.720.08530.27215981578100
3.72-4.020.07632.29196881464100
4.02-4.40.06635.5218029135099.9
4.4-4.920.05938.8916263123499.3
4.92-5.680.05937.814810111299.9
5.68-6.960.06334.0512908954100
6.96-9.840.04341.979751757100
9.840.03945.74464839385.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3p4i

3p4i


解像度: 1.98→45.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1917 / WRfactor Rwork: 0.1621 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8843 / SU B: 4.95 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1136 / SU Rfree: 0.1117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2027 2348 5.1 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
obs0.1741 44007 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.76 Å2 / Biso mean: 39.2756 Å2 / Biso min: 14.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å2-0 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 55 300 3185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.9994165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80636653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9815400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66422.061131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.72815464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.831535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6242.8951547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6242.8931546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4644.3191937
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 184 -
Rwork0.228 3182 -
all-3366 -
obs--99.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9578 Å / Origin y: 39.5918 Å / Origin z: 5.8384 Å
111213212223313233
T0.0274 Å2-0.0037 Å20.0137 Å2-0.0083 Å2-0.0049 Å2--0.0501 Å2
L0.3983 °20.0985 °20.0322 °2-0.5074 °20.2544 °2--0.1289 °2
S0.009 Å °0.0134 Å °0.1175 Å °0.0516 Å °-0.052 Å °0.108 Å °0.0285 Å °-0.0232 Å °0.043 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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