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- PDB-4ijn: Crystal structure of an acetate kinase from Mycobacterium smegmat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ijn
タイトルCrystal structure of an acetate kinase from Mycobacterium smegmatis bound to AMP and sulfate
要素Acetate kinase
キーワードTRANSFERASE / proprionate kinase / ATP-dependent / Metabolic intermediate biosynthesis / acetyl-CoA biosynthesis / hydrolysis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate kinase / acetate kinase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Acetate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetate kinase
B: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1779
ポリマ－85,1052
非ポリマー1,0737
水12,556697
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.430, 81.910, 95.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Acetate kinase / Acetokinase


分子量: 42552.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: ackA, MSMEG_0784, MSMEI_0768 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QQK1, acetate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MysmA.00640.a.A1 PS00601 at 20 mg/mL with 2 mM AMP and 2 mM MnCl2 against JCSG+ condition H7, 25% PEG 3350, 0.1 M BisTris, 0.2 M ammonium sulfate with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, ...詳細: MysmA.00640.a.A1 PS00601 at 20 mg/mL with 2 mM AMP and 2 mM MnCl2 against JCSG+ condition H7, 25% PEG 3350, 0.1 M BisTris, 0.2 M ammonium sulfate with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 238414h7, unique puck ID gpy2-6, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月24日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 93194 / Num. obs: 91223 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 23.913 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 20.66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.740.293.2213326622090.2
1.74-1.790.2584.2718558621593
1.79-1.840.2164.9719058617695
1.84-1.90.1855.8119435612196.7
1.9-1.960.1427.519511599498.1
1.96-2.030.1119.3820013589799.2
2.03-2.110.09311.8420133571299.6
2.11-2.190.07915.37231645480100
2.19-2.290.0719.2124834529999.7
2.29-2.40.06321.4225032506199.8
2.4-2.530.05923.7425151478899.9
2.53-2.690.05327.9225326451399.4
2.69-2.870.04832.5228180427699.9
2.87-3.10.04537.4229308400799.8
3.1-3.40.0442.9226737368099.9
3.4-3.80.03549.1423658331599.7
3.8-4.390.03353.0520880292499.7
4.39-5.380.03154.9217998249599.6
5.38-7.60.03252.88142341959100
7.60.0358.657549109198.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å45.7 Å
Translation3 Å45.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3r9p

3r9p


解像度: 1.7→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.1954 / WRfactor Rwork: 0.1677 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8981 / SU B: 3.459 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.0976 / SU Rfree: 0.0953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2015 4566 5 %RANDOM
Rwork0.1733 ---
obs0.1747 91201 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.05 Å2 / Biso mean: 19.5464 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0 Å2-0.67 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 68 697 6335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9847933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.775312748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4145771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.39622.987231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90615889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3011546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7771.1123026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7761.1113025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2751.6643785
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 328 -
Rwork0.219 5886 -
all-6214 -
obs--90.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2978-0.12730.08660.108-0.10770.3681-0.0338-0.00280.01660.0641-0.002-0.027-0.0163-0.00080.03580.0747-0.0008-0.01120.00320.00120.075157.49545.03450.7428
20.4237-0.05960.19330.0441-0.07630.4470.0460.186-0.02310.0268-0.03790.00520.0058-0.008-0.00810.04460.00830.00320.1277-0.0110.033942.28314.2728-32.3144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 376
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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