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- PDB-4hk0: UCA Fab (unbound) from CH65-CH67 Lineage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hk0
タイトルUCA Fab (unbound) from CH65-CH67 Lineage
要素
  • UCA heavy chain
  • UCA light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Preconfiguration of the antigen-binding site during affinity maturation of a broadly neutralizing influenza virus antibody.
著者: Schmidt, A.G. / Xu, H. / Khan, A.R. / O'Donnell, T. / Khurana, S. / King, L.R. / Manischewitz, J. / Golding, H. / Suphaphiphat, P. / Carfi, A. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Kepler, T. ...著者: Schmidt, A.G. / Xu, H. / Khan, A.R. / O'Donnell, T. / Khurana, S. / King, L.R. / Manischewitz, J. / Golding, H. / Suphaphiphat, P. / Carfi, A. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Kepler, T.B. / Zhang, R. / Moody, M.A. / Haynes, B.F. / Liao, H.X. / Shaw, D.E. / Harrison, S.C.
履歴
登録2012年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UCA heavy chain
B: UCA light chain
C: UCA heavy chain
D: UCA light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8074
ポリマ－96,8074
非ポリマー00
水1,910106
1
A: UCA heavy chain
B: UCA light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4042
ポリマ－48,4042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
2
C: UCA heavy chain
D: UCA light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4042
ポリマ－48,4042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.004, 102.004, 163.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

-
要素

#1: 抗体 UCA heavy chain


分子量: 25707.746 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 UCA light chain


分子量: 22695.977 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N355*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月17日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→50 Å / Num. obs: 33216 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.37 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.497-2.547.10.36516330.657199.1
2.54-2.597.10.32216560.686199.6
2.59-2.647.10.29116480.719199.6
2.64-2.6970.25616380.738199.3
2.69-2.757.10.22316810.768199.4
2.75-2.827.10.18616310.825199.7
2.82-2.897.10.16316410.868199.6
2.89-2.967.20.14116700.948199.5
2.96-3.057.10.11616440.987199.5
3.05-3.157.10.10316541.053199.8
3.15-3.267.20.09116631.21199.7
3.26-3.397.10.07716811.353199.8
3.39-3.557.20.0716371.507199.9
3.55-3.737.30.06716601.6281100
3.73-3.977.30.06516721.8661100
3.97-4.277.30.06216862.369199.9
4.27-4.77.20.06216532.9041100
4.7-5.387.10.06216802.9681100
5.38-6.787.30.05116741.8631100
6.78-507.40.03317141.331100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.497→37.195 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7954 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 1681 5.07 %
Rwork0.2061 --
obs0.2087 33143 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.083 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 139.84 Å2 / Biso mean: 42.4965 Å2 / Biso min: 15.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6202 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.6202 Å20 Å2
3----13.2404 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.497→37.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6442 0 0 106 6548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6039031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3662335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.497-2.57040.32691400.2932526266697
2.5704-2.65330.35861430.280425902733100
2.6533-2.74810.31421240.27522672279699
2.7481-2.85810.38091380.266226032741100
2.8581-2.98820.33031540.26582598275299
2.9882-3.14560.31551480.239826192767100
3.1456-3.34260.27831270.221626402767100
3.3426-3.60050.25041350.202926402775100
3.6005-3.96250.24851310.192626452776100
3.9625-4.5350.19321570.158226112768100
4.535-5.71020.18791210.155426782799100
5.7102-37.1990.231630.18292640280399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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