PDB-4gk6: X-ray crystal structure of a hypothetical deoxyuridine 5-triphosp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gk6

タイトル

X-ray crystal structure of a hypothetical deoxyuridine 5-triphosphate nucleotidohydrolase from Mycobacterium abscessus

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2012年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gk6.cif.gz	68.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gk6.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gk6_validation.pdf.gz	405.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gk6_full_validation.pdf.gz	405.4 KB	表示
XML形式データ	4gk6_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	4gk6_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/4gk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/4gk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 1mq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mq7-1 5vjy-1 2xcd-2 4ao5-1 2xcd-1 1vyq-d 6mai-1 4lhr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyabA.10050.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.260, 98.260, 98.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-362- HOH
2	1	A-443- HOH
3	1	A-444- HOH

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 14408.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: dut, MAB_3003c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MCW0, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 M Lithium chloride, 0.1 M sodium acetate, 30% PEG 6000, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 19154 / Num. obs: 19154 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 21.707 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.59

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.65-1.69		0.545	3.27	8685	1420	100
1.69-1.74		0.46	3.89	8473	1374	100
1.74-1.79		0.372	4.87	8054	1313	100
1.79-1.84		0.29	6.1	7998	1294	100
1.84-1.91		0.226	7.63	7759	1259	99.9
1.91-1.97		0.176	9.83	7439	1203	99.9
1.97-2.05		0.155	10.69	7291	1191	100
2.05-2.13		0.127	13.12	6871	1108	99.9
2.13-2.22		0.107	15	6626	1076	99.9
2.22-2.33		0.096	16.63	6430	1042	100
2.33-2.46		0.087	18.18	6086	989	100
2.46-2.61		0.082	18.96	5710	928	100
2.61-2.79		0.074	21.1	5448	891	100
2.79-3.01		0.064	23.86	5071	831	100
3.01-3.3		0.056	27.22	4541	753	100
3.3-3.69		0.051	29.64	4135	702	100
3.69-4.26		0.044	31.74	3596	606	100
4.26-5.22		0.043	33.51	3177	522	100
5.22-7.38		0.045	30.77	2468	415	99.8
	7.38	0.038	33.45	1333	237	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1MQ7

1mq7

解像度: 1.65→40.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.601 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1807	986	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1586	-	-	-
all	0.1598	19154	-	-
obs	0.1598	19154	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.92 Å² / B_iso mean: 15.774 Å² / B_iso min: 2.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	992	0	1	158	1151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	2	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.511	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.2	24.39	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.475	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.397	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	206

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	79	-
R_work	0.207	1341	-
all	-	1420	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8794	-0.7448	-0.9947	1.3531	0.7699	1.3078	-0.0619	0.1616	-0.0359	-0.0459	0.0305	-0.0122	-0.0801	-0.0887	0.0314	0.1651	-0.0941	0.0094	0.1767	-0.0178	0.004	17.5243	80.7978	52.4528
2	0.306	-0.0776	0.0852	0.428	-0.1615	0.8969	-0.0195	0.0954	0.0133	-0.0669	-0.0497	0.026	-0.1707	0.0058	0.0691	0.0668	0.0015	-0.007	0.0502	0.0076	0.052	18.5197	86.4728	64.7011
3	0.2059	-0.0695	0.2153	0.1063	0.0761	0.4999	-0.0095	0.0037	0.0105	-0.0106	-0.0051	-0.0054	-0.0273	-0.0229	0.0146	0.0667	-0.0019	0.005	0.0548	-0.0084	0.0562	18.1176	79.9622	68.1916
4	1.0221	0.0781	0.7322	3.5914	-0.8083	0.8367	-0.0695	-0.1012	-0.083	-0.1684	0.0904	-0.0358	0.0228	-0.1677	-0.0209	0.049	-0.0193	-0.0086	0.0653	-0.0073	0.0621	13.3962	71.8565	61.3531
5	0.2736	-0.1969	0.1369	0.6887	-0.0454	0.2363	-0.0177	0.0139	0.014	-0.0116	0.011	0.0082	-0.0226	-0.0406	0.0067	0.0624	0.0077	0.003	0.0474	-0.0024	0.045	17.6071	80.9058	70.0228
6	2.1563	-0.4206	1.2101	1.5587	0.5179	1.0645	-0.0666	0.0268	-0.0065	-0.0097	0.0784	0.0023	-0.0411	0.0602	-0.0118	0.0879	0.0029	0.0022	0.0185	0.0041	0.0714	27.1639	48.0474	81.3928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	38 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	77 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	88 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	121 - 133

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