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万見
- PDB-4ehp: Crystal Structure of human vinculin head domain (residues 1-252) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ehp
タイトルCrystal Structure of human vinculin head domain (residues 1-252) in complex with alpha-catenin (residues 277-382)
要素
  • Catenin alpha-1
  • Vinculin
キーワードCELL ADHESION / adherens junctions / vinculin binding site / vinculin binding domain / helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / Regulation of CDH19 Expression and Function / podosome ring / terminal web / Regulation of CDH11 function / cell-substrate junction ...negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / Regulation of CDH19 Expression and Function / podosome ring / terminal web / Regulation of CDH11 function / cell-substrate junction / gamma-catenin binding / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / gap junction assembly / dystroglycan binding / cellular response to indole-3-methanol / alpha-catenin binding / fascia adherens / vinculin binding / negative regulation of cell motility / flotillin complex / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / adherens junction assembly / regulation of establishment of endothelial barrier / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of smoothened signaling pathway / catenin complex / Adherens junctions interactions / axon extension / protein localization to cell surface / negative regulation of protein localization to nucleus / lamellipodium assembly / axon regeneration / regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of neuroblast proliferation / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / maintenance of blood-brain barrier / Myogenesis / odontogenesis of dentin-containing tooth / brush border / intercalated disc / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neuroblast proliferation / Smooth Muscle Contraction / RHO GTPases activate IQGAPs / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / cell-matrix adhesion / acrosomal vesicle / VEGFR2 mediated vascular permeability / negative regulation of cell migration / cell projection / integrin-mediated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / platelet aggregation / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / specific granule lumen / response to estrogen / male gonad development / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / actin filament binding / cell-cell junction / protein localization / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / extracellular vesicle / cell migration / actin cytoskeleton / cell junction / Platelet degranulation / lamellipodium / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / molecular adaptor activity / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-catenin / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Alpha-catenin / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Vinculin / Catenin alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Izard, T. / Rangarajan, E.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: alpha-Catenin unfurls upon binding to vinculin
著者: Rangarajan, E.S. / Izard, T.
履歴
登録2012年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Catenin alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,34911
ポリマ－40,8182
非ポリマー5319
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.250, 73.960, 107.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細THE BIOLOGICAL UNIT COULD BE EITHER A HETERODIMER OR A TETRAMER IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 28265.807 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-252 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P18206
#2: タンパク質 Catenin alpha-1 / Alpha E-catenin / Cadherin-associated protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-13


分子量: 12552.145 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 277-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNA1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P35221
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 3350, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.655→107.432 Å / Num. all: 13785 / Num. obs: 13785 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 58.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.65-2.87.30.4851.61436519700.485100
2.8-2.977.30.3422.21375918800.342100
2.97-3.177.30.2133.61283217540.213100
3.17-3.437.30.1295.91192916340.129100
3.43-3.757.30.07410.41106115220.074100
3.75-4.27.20.04815.7992613800.048100
4.2-4.857.10.03519.7883912390.035100
4.85-5.9470.04216.1735710540.042100
5.94-8.46.80.0320.557558450.03100
8.4-107.4326.10.01825.530925070.01899.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.99 Å107.43 Å
Translation2.99 Å107.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2IBF

2ibf


解像度: 2.66→22.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9362 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9156 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.545 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 686 5.03 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
all0.247 13667 --
obs0.1944 13637 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 182.03 Å2 / Biso mean: 60.0904 Å2 / Biso min: 26.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.478 Å20 Å20 Å2
2--6.1346 Å20 Å2
3---6.3435 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.312 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→22.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 36 82 2790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011347SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1.0680HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36390HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.322733HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0067376SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01261HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_bcor1.4263326SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_cont02733HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral03677HARMONIC2
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.87 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 174 6.32 %
Rwork0.2023 2580 -
all0.2071 2754 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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