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- PDB-3tj6: human vinculin head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tj6
タイトルhuman vinculin head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with the vinculin binding site of the surface cell antigen 4 (sca4-VBS-C; residues 812-835) from Rickettsia rickettsii
要素
  • Antigenic heat-stable 120 kDa protein
  • Vinculin
キーワードprotein binding/toxin / cytoskeleton / epidemic typhus / sca4 / spotted fever / ALPHA-HELIX BUNDLE DOMAIN / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / CELL ADHESION / CYTOSOL / FOCAL ADHESION / protein binding-toxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / fascia adherens / dystroglycan binding ...regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / fascia adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / brush border / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of cell migration / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / morphogenesis of an epithelium / cell projection / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / platelet aggregation / specific granule lumen / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / extracellular vesicle / actin binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rickettsia surface antigen, 120kDa / 120 KDa Rickettsia surface antigen / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily ...Rickettsia surface antigen, 120kDa / 120 KDa Rickettsia surface antigen / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Antigenic heat-stable 120 kDa protein / Vinculin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Park, H. / Lee, J.H. / Gouin, E. / Cossart, P. / Izard, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The rickettsia surface cell antigen 4 applies mimicry to bind to and activate vinculin.
著者: Park, H. / Lee, J.H. / Gouin, E. / Cossart, P. / Izard, T.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22013年5月1日Group: Other
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Antigenic heat-stable 120 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3682
ポリマ－31,3682
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
2
A: Vinculin
B: Antigenic heat-stable 120 kDa protein

A: Vinculin
B: Antigenic heat-stable 120 kDa protein

A: Vinculin
B: Antigenic heat-stable 120 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1046
ポリマ－94,1046
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11800 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area40540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.373, 141.373, 141.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 28751.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18206
#2: タンパク質・ペプチド Antigenic heat-stable 120 kDa protein / 120 kDa antigen / Protein PS 120 / PS120


分子量: 2616.940 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 812-834 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
株: Iowa / 遺伝子: RrIowa_0797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0BXR4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2% (v/v) tacsimate (pH 5), 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 16% (w/v) polyethylene glycol (3,350), 20 mM Tris-HCl (pH 9), 150 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97867 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→99.97 Å / Num. all: 12290 / Num. obs: 12290 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 72.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.76-2.91150.496.10.491100
2.91-3.081100
3.08-3.31100
3.3-3.561100
3.56-3.91100
3.9-4.361100
4.36-5.031100
5.03-6.161100
6.16-8.721100
8.72-99.96199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.2精密化
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1rkc

1rkc


解像度: 2.76→44.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9461 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 989 8.07 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.1963 12251 --
all-12290 --
原子変位パラメータBiso mean: 79.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.389 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→44.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 0 141 2291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.12946HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.091058SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.4366HARMONIC2
LS精密化 シェル解像度: 2.76→3.02 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 243 8.46 %
Rwork0.251 2630 -
all0.2536 2873 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0590.1508-0.82541.0234-0.14651.65290.05080.57970.0834-0.06920.05270.21610.0291-0.3881-0.1035-0.28270.0017-0.0145-0.19840.0948-0.3378-29.75-3.6017-22.183
20.3688.00196.62963.22790.46464.5645-0.00760.18760.0101-0.444-0.11420.0554-0.5203-0.5420.1219-0.09420.0587-0.1120.24370.0238-0.2343-50.5951-3.0693-28.296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|253 }A1 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|812 - B|834 }B812 - 834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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