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Yorodumi- PDB-6osu: Crystal Structure of the D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacD... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6osu | ||||||
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Title | Crystal Structure of the D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacD from Francisella tularensis | ||||||
Components | D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (Penicillin binding protein) family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / serine protease / penicillin binding protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.44 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Stogios, P. / Skarina, T. / Di, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacD from Francisella tularensis Authors: Kim, Y. / Stogios, P. / Skarina, T. / Di, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6osu.cif.gz | 175.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6osu.ent.gz | 138.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6osu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6osu_validation.pdf.gz | 434.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6osu_full_validation.pdf.gz | 437.4 KB | Display | |
Data in XML | 6osu_validation.xml.gz | 16.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6osu_validation.cif.gz | 21.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6osu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6osu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4k91S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46405.188 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (bacteria) Gene: dacD, FTT_1029, BZ14_1819 / Variant: SCHU S4 / Schu 4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): BL21 DE3 (gold) References: UniProt: Q5NG28, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: Chemical | ChemComp-CL / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10 %(w/v) PEG 6000, 0.1 M calcium chloride, 0.1 M Hepes pH 7.5, 10 mM Penicillin G |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 6, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→33.5 Å / Num. obs: 17114 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.48 Å / Num. unique obs: 781 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 4K91 Resolution: 2.44→33.498 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.32 / Phase error: 24.68
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→33.498 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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