[日本語] English
万見
- PDB-4k91: Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 5 (PBP5) from Pse... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k91
タイトルCrystal structure of Penicillin-Binding Protein 5 (PBP5) from Pseudomonas aeruginosa in apo state
要素D-ala-D-ala-carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / DD-carboxypeptidase / membrane associated
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase ...Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Smith, J. / Toth, M. / Vakulenko, S. / Mobashery, S. / Chen, Y.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of the role of Pseudomonas aeruginosa penicillin-binding protein 5 in beta-lactam resistance.
著者: Smith, J.D. / Kumarasiri, M. / Zhang, W. / Hesek, D. / Lee, M. / Toth, M. / Vakulenko, S. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Chen, Y.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-ala-D-ala-carboxypeptidase
B: D-ala-D-ala-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9845
ポリマ－75,6302
非ポリマー3543
水2,792155
1
A: D-ala-D-ala-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9332
ポリマ－37,8151
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: D-ala-D-ala-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0513
ポリマ－37,8151
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.143, 39.909, 85.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 D-ala-D-ala-carboxypeptidase


分子量: 37814.934 Da / 分子数: 2
断片: A soluble fragment excluding the 24-residue N-terminal signal peptide and the 17-residue C-terminal membrane anchor (unp residues 25-369)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: dacC, PA14_12100 / プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q02SG6, UniProt: A0A0H2ZFH3*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 46573 / Num. obs: 46480 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.093.70.61323141.052199.6
2.09-2.123.80.54522591.0421100
2.12-2.163.70.44222971.041199.9
2.16-2.213.80.4123271.052199.6
2.21-2.263.80.36522831.151100
2.26-2.313.80.31323091.024199.8
2.31-2.373.80.26523211.063199.9
2.37-2.433.90.23722991.034199.9
2.43-2.53.90.1923161.0241100
2.5-2.583.90.16123060.988199.9
2.58-2.683.90.13823381.1731100
2.68-2.783.90.12423071.112199.8
2.78-2.913.80.10822891.0541100
2.91-3.063.80.09123761.171199.9
3.06-3.253.70.07922961.07199.9
3.25-3.513.60.06823351.109199.9
3.51-3.863.60.06123341.088199.7
3.86-4.423.60.05423621.035199.7
4.42-5.563.70.04623601.143199.1
5.56-503.80.03224520.967199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→39.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2926 / WRfactor Rwork: 0.2324 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7923 / SU B: 5.646 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.2193 / SU Rfree: 0.1933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2629 2344 5.1 %RANDOM
Rwork0.2121 ---
obs0.2147 46302 99.26 %-
all-46647 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.72 Å2 / Biso mean: 55.0341 Å2 / Biso min: 21.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0.49 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5239 0 24 155 5418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.9627260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7215686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87624.937237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00315939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8791530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.411.53397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33425437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.47531972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4584.51823
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 175 -
Rwork0.3 3176 -
all-3351 -
obs--97.41 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る