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- PDB-5okp: Crystal structure of human SHIP2 Phosphatase-C2 double mutant F59... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5okp
タイトルCrystal structure of human SHIP2 Phosphatase-C2 double mutant F593D/L597D
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2
キーワードHYDROLASE / SHIP2 / Phosphatase / C2 / phosphatidylinositol (3 / 4 / 5)-triphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / ruffle assembly / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol dephosphorylation / endochondral ossification / phosphatidylinositol biosynthetic process / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / ruffle assembly / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol dephosphorylation / endochondral ossification / phosphatidylinositol biosynthetic process / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / establishment of mitotic spindle orientation / immune system process / Interleukin receptor SHC signaling / regulation of immune response / ERK1 and ERK2 cascade / SH2 domain binding / basal plasma membrane / actin filament organization / post-embryonic development / filopodium / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to insulin / SH3 domain binding / endocytosis / glucose metabolic process / spindle pole / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / lamellipodium / regulation of protein localization / actin binding / gene expression / cell adhesion / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / Golgi apparatus / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SHIP1/2 second C2 domain / SHIP1/2 first C2 domain / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / SAM domain (Sterile alpha motif) / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily ...SHIP1/2 second C2 domain / SHIP1/2 first C2 domain / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / SAM domain (Sterile alpha motif) / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Le Coq, J. / Lietha, D.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural basis for interdomain communication in SHIP2 providing high phosphatase activity.
著者: Le Coq, J. / Camacho-Artacho, M. / Velazquez, J.V. / Santiveri, C.M. / Gallego, L.H. / Campos-Olivas, R. / Dolker, N. / Lietha, D.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9695
ポリマ－52,7201
非ポリマー2484
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.745, 73.426, 157.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1123-

HOH

21A-1136-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2 / Inositol polyphosphate phosphatase-like protein 1 / INPPL-1 / Protein 51C / SH2 domain-containing ...Inositol polyphosphate phosphatase-like protein 1 / INPPL-1 / Protein 51C / SH2 domain-containing inositol 5'-phosphatase 2 / SHIP-2


分子量: 52720.344 Da / 分子数: 1 / 変異: F593D, L597D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first two residues are from the expression vector in which the gene was cloned.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INPPL1, SHIP2 / プラスミド: pOPINJ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS
参照: UniProt: O15357, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 50 mM HEPES pH 7.1, 17.5% PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→78.98 Å / Num. obs: 40283 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.372 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→78.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.945 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20469 2118 5 %RANDOM
Rwork0.17787 ---
obs0.17923 40283 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.328 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→78.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3394 0 16 139 3549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.261.9494757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88337473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0575426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73624.012167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21815610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7711521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8682.0511692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8682.051691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5243.0582107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5233.0592108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9732.2221823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9722.2221823
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6233.2672646
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.81823.3543747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.75323.1593728
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 147 -
Rwork0.24 2993 -
obs--99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81940.0156-0.00110.96050.09830.35-0.02210.0053-0.00390.00450.01090.05920.0204-0.02460.01120.00450.00420.01770.0657-0.00260.13710.113316.389641.3534
23.28381.6273-0.30225.61440.15762.39610.0141-0.08030.13730.7980.1392-0.016-0.0532-0.041-0.15330.1610.0470.02220.12930.00320.0492-22.782513.805965.9312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A419 - 731
2X-RAY DIFFRACTION2A746 - 874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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