+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zs9 | |||||||||
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Title | SufS from Bacillus subtilis in the resting state | |||||||||
Components | Cysteine desulfurase SufS | |||||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2020 Title: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes. Authors: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zs9.cif.gz | 175.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zs9.ent.gz | 136.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zs9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zs9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5wt2C 5wt4C 5zskC 5zsoC 5zspC 5zstC 6kfzC 6kg0C 6kg1C 5j8qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46814.699 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (strain 168) (bacteria) Strain: 168 / Gene: sufS, csd, yurW, BSU32690 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: O32164, cysteine desulfurase |
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#2: Chemical | ChemComp-PEG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.05M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 50% (v/v) PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 24, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→43.213 Å / Num. obs: 15771 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.784 % / Biso Wilson estimate: 57.26 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 20.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J8Q Resolution: 2.8→43.213 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.56
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.07 Å2 / Biso mean: 53.4046 Å2 / Biso min: 20.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→43.213 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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