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- PDB-5zs9: SufS from Bacillus subtilis in the resting state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zs9
タイトルSufS from Bacillus subtilis in the resting state
要素Cysteine desulfurase SufS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Cysteine desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cysteine desulfurase SufS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H04472 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2018年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9212
ポリマ－46,8151
非ポリマー1061
水54030
1
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8424
ポリマ－93,6292
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area6940 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.900, 91.900, 127.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase SufS


分子量: 46814.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 50% (v/v) PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月24日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.213 Å / Num. obs: 15771 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.784 % / Biso Wilson estimate: 57.26 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 20.15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.98.7670.842.729300.7550.894100
2.9-38.7970.5733.9825750.8630.609100
3-48.7810.18911.7139270.9920.201100
4-68.8190.0633.9971150.9980.064100
6-108.8060.03452.22235510.036100
10-43.2138.4140.02376.764710.02598.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J8Q

5j8q


解像度: 2.8→43.213 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 789 5 %
Rwork0.1802 --
obs0.1832 15771 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.07 Å2 / Biso mean: 53.4046 Å2 / Biso min: 20.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→43.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 7 30 3204
Biso mean--53.46 43.32 -
残基数----405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8002-2.97560.30751290.237824462575
2.9756-3.20520.26881290.212524472576
3.2052-3.52770.26931300.199724752605
3.5277-4.03780.26731310.168524902621
4.0378-5.08590.17831320.153825042636
5.0859-43.21780.23341380.178526202758
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5548-0.41540.16250.4909-0.4570.5980.33740.1085-0.21060.0614-0.07760.25050.0448-0.31260.00090.3627-0.0602-0.02140.24930.03530.309425.8871-16.6515-14.9088
20.4951-0.60310.04710.84720.22240.62870.06570.2640.0210.10410.02190.2137-0.10920.01030.00150.37620.041-0.03050.3730.05330.294931.08368.7292-17.1513
30.045-0.2888-0.03621.1234-0.23720.92140.0596-0.24760.16020.1917-0.103-0.3442-0.11260.180.00060.3075-0.0485-0.0970.29130.06460.378252.2356-2.7417-10.6737
40.3986-0.5752-0.13730.86190.3030.44050.2057-0.2495-0.17860.23070.0541-0.45740.3518-0.04930.35430.41070.0066-0.33950.42170.30170.702462.0708-19.374-3.3935
50.5086-0.4756-0.41360.65090.18250.4867-0.0141-0.1722-0.24810.4217-0.0252-0.17370.08540.0747-0.00790.3842-0.0686-0.19160.34240.08460.358650.7864-11.5523-1.6209
60.4253-0.6288-0.08881.0673-0.20690.6743-0.0697-0.0490.11050.1161-0.0304-0.3642-0.06690.10460.00010.2823-0.0576-0.08720.29790.01360.321952.22255.2869-13.6513
71.043-0.85880.28080.7871-0.10690.22840.09150.16290.34320.31250.0215-0.2095-0.1255-0.1610.00260.3221-0.0694-0.040.2640.00740.267641.4614.0668-10.3682
80.7076-0.0216-0.1730.3988-0.48390.6296-0.1351-0.1159-0.0061-0.08530.03810.06980.1721-0.0694-0.00140.5689-0.0967-0.06860.40780.09520.253336.5259-27.6372-3.9317
90.6345-0.09350.22450.045-0.01580.3195-0.39650.2596-0.027-0.52390.1803-0.13340.32080.0627-0.00120.5932-0.03780.01020.3050.0710.462839.0822-29.3705-20.2853
100.21360.0249-0.30990.7092-0.28190.5407-0.1454-0.2723-0.23360.24990.13050.05120.06460.07950.01020.481-0.093-0.01110.32990.12450.530737.0542-30.5215-15.4506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 34 )A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 57 )A35 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 135 )A58 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 169 )A136 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 170 through 221 )A170 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 222 through 263 )A222 - 263
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 264 through 295 )A264 - 295
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 296 through 330 )A296 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 331 through 362 )A331 - 362
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 363 through 405 )A363 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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