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- PDB-6kg1: NifS from Helicobacter pylori, soaked with L-cysteine for 180 sec -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kg1
タイトルNifS from Helicobacter pylori, soaked with L-cysteine for 180 sec
要素Cysteine desulfurase IscS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / iron / sulfur / cysteine desulfurase / reaction intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / [2Fe-2S] cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-PDA / Cysteine desulfurase IscS
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2019年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase IscS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5414
ポリマ－44,1251
非ポリマー4163
水1448
1
A: Cysteine desulfurase IscS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase IscS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0828
ポリマ－88,2502
非ポリマー8326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area6320 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area26100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.900, 102.900, 133.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase IscS / NifS


分子量: 44125.230 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V, K138R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: iscS, HP_0220 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O25008, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PDA / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-PROPIONIC ACID / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン


分子量: 320.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% (w/v) PEG 4000, 8.5% (v/v) 2-propanol, 15% (v/v) glycerol, 85mM HEPES-NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日 / 詳細: Si(111) double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.18 Å / Num. obs: 20267 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.086 % / Biso Wilson estimate: 73.219 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 14.18 / Num. measured all: 265780 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.87.3290.7832.2828348386938680.8610.842100
2.8-37.1750.533.3144999627462720.9460.571100
3-3.46.9420.2327.1359560858085800.9850.251100
3.4-47.3040.116.6152983725472540.9960.108100
4-66.9730.06126.0556613811981190.9970.066100
6-106.8340.04731.3118308267926790.9980.051100
10-49.186.770.04634.1749697407340.9970.04999.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WT2

5wt2


解像度: 2.7→49.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 22.207 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 1014 5 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1829 19253 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 204.99 Å2 / Biso mean: 92.068 Å2 / Biso min: 38.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2780 0 26 8 2814
Biso mean--76.43 69.78 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0122854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9261.6413866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4385357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50522.394142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.91715495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9891518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2260.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022138
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 73 -
Rwork0.326 1389 -
all-1462 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.15360.06132.6082.70581.73068.0787-0.0426-0.5322-0.6289-0.43060.0824-0.05740.50680.2046-0.03980.25590.0530.08780.1880.17020.263224.2348-34.6778-30.5145
23.2992-0.6533-0.93755.39190.1813.812-0.0343-0.99930.16060.3202-0.15770.8414-0.5586-1.08090.1920.12980.19520.02740.9297-0.1210.29258.3543-18.385-19.4449
32.89660.37112.02873.34640.1366.5898-0.06-1.36330.29481.0087-0.0897-0.2703-0.2856-0.07710.14980.33770.0625-0.03670.91750.01730.309830.1153-24.1241-7.8777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3A236 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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