+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wt5 | ||||||||||||
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Title | L-homocysteine-bound NifS from Helicobacter pylori | ||||||||||||
Components | Cysteine desulfurase IscS | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Iron-sulfur cluster biogenesis / cysteine desulfurase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / [2Fe-2S] cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||||||||
Authors | Fujishiro, T. / Takahashi, Y. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: to be published Title: Structural snapshot of cysteine desulfurase NifS with L-cysteine in initiation of catalysis Authors: Fujishiro, T. / Nakamura, R. / Takahashi, Y. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wt5.cif.gz | 591.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wt5.ent.gz | 484.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wt5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5wt5_validation.pdf.gz | 508.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5wt5_full_validation.pdf.gz | 546.3 KB | Display | |
Data in XML | 5wt5_validation.xml.gz | 66 KB | Display | |
Data in CIF | 5wt5_validation.cif.gz | 90.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wt5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5wt6C 1ecxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44353.348 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: L2V, K138R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (bacteria) Strain: ATCC 700392 / 26695 / Gene: iscS, HP_0220 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: O25008, cysteine desulfurase #2: Chemical | ChemComp-IPA / | #3: Chemical | ChemComp-HCS / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 68.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: HEPES/NaOH, PEG 4000, glycerol, isopropanol, L-homocysteine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2016 |
Radiation | Monochromator: Si double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.897→47.782 Å / Num. obs: 221285 / % possible obs: 99.89 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.91 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.0753 / Rpim(I) all: 0.04564 / Net I/σ(I): 11.91 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7912 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 21290 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.4727 / % possible all: 99.76 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ECX Resolution: 1.9→47.782 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 20.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→47.782 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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