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Yorodumi- PDB-4q76: Crystal structure of Nfs2 C384S mutant, the plastidial cysteine d... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q76 | ||||||
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Title | Crystal structure of Nfs2 C384S mutant, the plastidial cysteine desulfurase from Arabidopsis thaliana | ||||||
Components | Cysteine desulfurase 2, chloroplastic | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Cysteine desulfurase / AtSufE1 / Chloroplast | ||||||
Function / homology | Function and homology information selenium compound metabolic process / selenocysteine lyase / iron incorporation into metallo-sulfur cluster / selenocysteine lyase activity / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / response to selenium ion / cysteine metabolic process / sulfur compound metabolic process / chloroplast stroma ...selenium compound metabolic process / selenocysteine lyase / iron incorporation into metallo-sulfur cluster / selenocysteine lyase activity / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / response to selenium ion / cysteine metabolic process / sulfur compound metabolic process / chloroplast stroma / chloroplast / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Roret, T. / Didierjean, C. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2014 Title: X-ray structures of Nfs2, the plastidial cysteine desulfurase from Arabidopsis thaliana. Authors: Roret, T. / Pegeot, H. / Couturier, J. / Mulliert, G. / Rouhier, N. / Didierjean, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4q76.cif.gz | 344.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4q76.ent.gz | 278.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4q76.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4q76_validation.pdf.gz | 435.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4q76_full_validation.pdf.gz | 440.8 KB | Display | |
Data in XML | 4q76_validation.xml.gz | 35.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4q76_validation.cif.gz | 53.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q76 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4q75C 1t3iS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47161.164 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: NFS2, NIFS, At1g08490, T27G7.17 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q93WX6, cysteine desulfurase, selenocysteine lyase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: microbatch under oil / pH: 7.5 Details: 20% PEG3000, 0.2M sodium chloride and 0.1M HEPES pH 7.5, microbatch under oil , temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.980111 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.980111 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→46.02 Å / Num. all: 75742 / Num. obs: 75702 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 10920 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1T3I Resolution: 1.9→40.713 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→40.713 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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