PDB-5dlk: The crystal structure of CT mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dlk

タイトル

The crystal structure of CT mutant

要素

TqaA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Biochemistry / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Penicillium aethiopicum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhang, J.R. / Tang, Y. / Zhou, J.H.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of nonribosomal peptide macrocyclization in fungi
著者: Zhang, J. / Liu, N. / Cacho, R.A. / Gong, Z. / Liu, Z. / Qin, W. / Tang, C. / Tang, Y. / Zhou, J.

履歴

登録	2015年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dlk.cif.gz	391.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dlk.ent.gz	317.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dlk_validation.pdf.gz	495.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dlk_full_validation.pdf.gz	506.7 KB	表示
XML形式データ	5dlk_validation.xml.gz	76 KB	表示
CIF形式データ	5dlk_validation.cif.gz	111.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dijSC 5egfC 5ejdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2grv-2 1esv-d 1d4d-d 5dij-d 5f9c-2 4i1o-2 2qa2-d 5jm9-d 3tf7-2 4oev-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (4) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TqaA

B: TqaA

C: TqaA

D: TqaA

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TqaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TqaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: TqaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: TqaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.640, 221.678, 99.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 127.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-663- HOH

#1: タンパク質	TqaA 分子量: 53670.582 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3595-4074 / 変異: residues 3992-4001 deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium aethiopicum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1CWE4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.79 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium malnate, Bis-Tris propane, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 256485 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 22.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DIJ

5dij

解像度: 1.8→41.906 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	12863	5.02 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1944	256012	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14083	0	104	1395	15582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	19917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.71	5254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2259
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2557

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7999-1.8203	0.3136	438	0.2907	7850	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8203-1.8417	0.3284	457	0.2789	8092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8417-1.8642	0.2927	423	0.2657	8103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8642-1.8878	0.2554	421	0.2517	8147	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8878-1.9126	0.2907	422	0.256	8182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9126-1.9388	0.2925	432	0.2517	8017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9388-1.9665	0.2427	408	0.2289	8131	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9665-1.9959	0.2415	435	0.2242	8120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9959-2.0271	0.241	434	0.2281	8104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0271-2.0603	0.2523	460	0.2225	8035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0603-2.0958	0.2723	440	0.2258	8100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0958-2.1339	0.2646	435	0.2148	8082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1339-2.175	0.2478	419	0.2123	8164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.2194	0.2554	421	0.2104	8109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2194-2.2676	0.265	423	0.2261	8093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2676-2.3204	0.2376	463	0.2064	8118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3204-2.3784	0.236	414	0.207	8100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3784-2.4427	0.2481	456	0.2054	8039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4427-2.5145	0.2581	392	0.2042	8140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5145-2.5957	0.249	458	0.2104	8162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5957-2.6885	0.2378	415	0.2029	8091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6885-2.7961	0.2523	441	0.203	8120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7961-2.9233	0.2262	442	0.1994	8134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9233-3.0774	0.2521	430	0.2147	8124	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0774-3.2701	0.2164	420	0.2047	8114	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2701-3.5225	0.2131	452	0.1889	8131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5225-3.8767	0.1813	431	0.1738	8106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8767-4.4372	0.1768	378	0.1507	8161	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4372-5.5883	0.1778	392	0.1451	8198	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5883-41.9169	0.1653	411	0.1504	8082	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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