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- PDB-4i1o: Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of Lep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i1o
タイトルCrystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3
要素
  • LepB
  • Ras-related protein Rab-1B
キーワードPROTEIN TRANSPORT/HYDROLASE / GAP / RabGAP / hydrolase activator / Rab1b / lpg2490 / GTPase-activating proteins / hydrolysis / Rab1 hydrolase / GTP hydrolase / PROTEIN TRANSPORT-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glycoprotein metabolic process / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / Golgi organization ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / G protein activity / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1700 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #830 / LepB GAP domain, C-terminal subdomain / LepB, N-terminal / LepB GAP domain, N-terminal subdomain / LepB GAP domain N-terminal subdomain / LepB GAP domain C-terminal subdomain / LepB N-terminal domain / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1700 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #830 / LepB GAP domain, C-terminal subdomain / LepB, N-terminal / LepB GAP domain, N-terminal subdomain / LepB GAP domain N-terminal subdomain / LepB GAP domain C-terminal subdomain / LepB N-terminal domain / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / LepB / Ras-related protein Rab-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Gazdag, E.M. / Streller, A. / Vetter, I.R. / Goody, R.S. / Itzen, A.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2013
タイトル: Mechanism of Rab1b deactivation by the Legionella pneumophila GAP LepB.
著者: Mihai Gazdag, E. / Streller, A. / Haneburger, I. / Hilbi, H. / Vetter, I.R. / Goody, R.S. / Itzen, A.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-1B
B: LepB
C: Ras-related protein Rab-1B
D: LepB
E: Ras-related protein Rab-1B
F: LepB
G: Ras-related protein Rab-1B
H: LepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,22726
ポリマ－218,4578
非ポリマー2,77118
水2,630146
1
A: Ras-related protein Rab-1B
D: LepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3607
ポリマ－54,6142
非ポリマー7465
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
2
B: LepB
C: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4668
ポリマ－54,6142
非ポリマー8526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
3
E: Ras-related protein Rab-1B
F: LepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1485
ポリマ－54,6142
非ポリマー5343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
4
G: Ras-related protein Rab-1B
H: LepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2546
ポリマ－54,6142
非ポリマー6404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.410, 124.410, 147.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-1B


分子量: 20482.234 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1B / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H0U4
#2: タンパク質
LepB


分子量: 34131.914 Da / 分子数: 4 / 断片: GAP domain (UNP residues 317-618) / Mutation: K457A, E458A, K460A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lepB, lpg2490 / プラスミド: pOPINM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZSM7

-
非ポリマー , 5種, 164分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.157 Å / Num. obs: 70034 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.958 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 19.47
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.80.7173.671100
2.8-2.90.5524.821100
2.9-30.3916.61100
3-3.30.2529.681100
3.3-3.50.14315.441100
3.5-40.09423.21100
4-50.05833.981100
5-60.05834.961100
6-80.0538.61100
8-100.03852.531100
10-120.03453.681100
12-140.03655.5199.7
14-160.03654.311100
16-180.03754.931100
18-200.03752.961100
20-49.1570.04158.061100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASERMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3NKV AND 4I1M

3nkv

4i1m


解像度: 2.701→49.157 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 3499 5 %
Rwork0.2174 --
obs0.2191 69987 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.3913 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→49.157 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13990 0 174 146 14310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01414451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05719641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9845038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.701-2.73770.37081380.29992620X-RAY DIFFRACTION100
2.7377-2.77680.38011420.31342709X-RAY DIFFRACTION100
2.7768-2.81830.2971390.30742630X-RAY DIFFRACTION100
2.8183-2.86230.33121410.3062675X-RAY DIFFRACTION100
2.8623-2.90920.3181400.28582674X-RAY DIFFRACTION100
2.9092-2.95940.30621410.29232667X-RAY DIFFRACTION100
2.9594-3.01320.28611400.282667X-RAY DIFFRACTION100
3.0132-3.07110.28381400.27732658X-RAY DIFFRACTION100
3.0711-3.13380.28991400.2832656X-RAY DIFFRACTION100
3.1338-3.20190.30391400.27172657X-RAY DIFFRACTION100
3.2019-3.27640.29861410.26752675X-RAY DIFFRACTION100
3.2764-3.35830.3141390.2552634X-RAY DIFFRACTION100
3.3583-3.44910.27281410.24322688X-RAY DIFFRACTION100
3.4491-3.55060.25531390.23182642X-RAY DIFFRACTION100
3.5506-3.66510.26391390.22172631X-RAY DIFFRACTION100
3.6651-3.79610.24381410.22942695X-RAY DIFFRACTION100
3.7961-3.9480.26141390.20152641X-RAY DIFFRACTION100
3.948-4.12760.19681400.18162663X-RAY DIFFRACTION100
4.1276-4.34510.20631400.17332657X-RAY DIFFRACTION100
4.3451-4.61710.20431410.17212684X-RAY DIFFRACTION100
4.6171-4.97330.19521400.17982670X-RAY DIFFRACTION100
4.9733-5.47320.22461400.19072647X-RAY DIFFRACTION100
5.4732-6.26380.2521390.20092651X-RAY DIFFRACTION100
6.2638-7.88650.24891400.20392659X-RAY DIFFRACTION100
7.8865-49.16480.1951390.17152638X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0004-0.01780.0221-0.0256-0.02560.0147-0.0380.0245-0.0087-0.0590.12980.0053-0.04840.0124-0-0.15460.155-0.52790.24070.3984-0.454627.5121-38.4942-10.4225
20.022-0.02650.01670.1176-0.0120.08970.03310.0932-0.10990.0820.3586-0.0361-0.06450.0464-0-0.2074-0.1877-0.00220.3167-0.2050.169284.3306-49.258-11.1367
30.00640.01430.0215-0.02550.02250.0138-0.0306-0.0153-0.03930.02910.1304-0.079-0.0367-0.0009-0-0.1139-0.1407-0.49560.2442-0.3569-0.303596.8047-38.514711.9472
40.02880.04060.02870.14220.01960.10180.029-0.141-0.0207-0.10550.36240.0056-0.1193-0.1079-0-0.10090.211-0.05820.28880.21720.176439.8371-49.247312.6773
50.00290.0202-0.0276-0.0317-0.02540.0099-0.0094-0.0088-0.00480.02760.14260.0670.05490.0041-0-0.2277-0.19450.58270.18860.4259-0.416627.5536-105.103311.9351
60.026-0.0172-0.02090.0529-0.03570.04310.0980.08010.16210.11360.5347-0.15810.07970.0209-0-0.1867-0.23180.0560.25810.2890.095940.088-94.267-11.1924
70.003-0.0208-0.018-0.02160.02020.0166-0.01690.0155-0.0097-0.04430.1325-0.04460.0756-0.01550-0.10290.18740.47750.2174-0.4365-0.339896.8944-105.1754-10.4108
80.02520.0425-0.02380.08970.01620.05610.1003-0.0730.1207-0.12160.37810.03660.10390.07090-0.28790.24780.05740.2592-0.22750.138884.5757-94.409312.6757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:180)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 328:618)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 4:180)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 327:618)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 4:180)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 327:618)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resid 4:180)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 327:618)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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