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- PDB-5grj: Crystal structure of human PD-L1 with monoclonal antibody avelumab -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5grj | |||||||||
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Title | Crystal structure of human PD-L1 with monoclonal antibody avelumab | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / PD-L1 / avelumab / monoclonal antibody / tumor immunothepapy | |||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liu, K. / Tan, S. / Chai, Y. / Chen, D. / Song, H. / Zhang, C.W.-H. / Shi, Y. / Liu, J. / Tan, W. / Lyu, J. ...Liu, K. / Tan, S. / Chai, Y. / Chen, D. / Song, H. / Zhang, C.W.-H. / Shi, Y. / Liu, J. / Tan, W. / Lyu, J. / Gao, S. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of anti-PD-L1 monoclonal antibody avelumab for tumor therapy. Authors: Liu, K. / Tan, S. / Chai, Y. / Chen, D. / Song, H. / Zhang, C.W. / Shi, Y. / Liu, J. / Tan, W. / Lyu, J. / Gao, S. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 190.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 153.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 466.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 13047.749 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 11484.462 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 25295.676 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 18-238 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation / pH: 7.5 Details: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES-Na, 30%(v/v) iso-Propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 11319 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.6 % / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.31 Å |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3BIK and 4NKI Resolution: 3.206→42.173 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.206→42.173 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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