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- PDB-4e4d: Crystal structure of mouse RANKL-OPG complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e4d
タイトルCrystal structure of mouse RANKL-OPG complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
キーワードCytokine/Signaling Protein / TNF-Related Activation-Induced Cytokine-Receptor / Cysteine-Rich Domain / Jelly-Roll Fold / Cytokine-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway ...positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / paracrine signaling / osteoclast development / heparan sulfate binding / response to arsenic-containing substance / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of bone resorption / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of bone resorption / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of intracellular signal transduction / monocyte chemotaxis / mammary gland alveolus development / response to magnesium ion / lymph node development / bone resorption / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium ion homeostasis / extracellular matrix organization / response to nutrient / osteoclast differentiation / ossification / cytokine activity / animal organ morphogenesis / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / calcium-mediated signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / bone development / positive regulation of JNK cascade / response to estrogen / positive regulation of T cell activation / cytokine-mediated signaling pathway / extracellular matrix / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / signaling receptor complex / immune response / response to xenobiotic stimulus / receptor ligand activity / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11B / Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 11B death domain / Tumour necrosis factor receptor 11 / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. ...Tumour necrosis factor receptor 11B / Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 11B death domain / Tumour necrosis factor receptor 11 / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Jelly Rolls - #40 / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Putative ephrin-receptor like / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nelson, C.A. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: RANKL Employs Distinct Binding Modes to Engage RANK and the Osteoprotegerin Decoy Receptor.
著者: Nelson, C.A. / Warren, J.T. / Wang, M.W. / Teitelbaum, S.L. / Fremont, D.H.
履歴
登録2012年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8204
ポリマ－37,7492
非ポリマー712
水1,67593
1
X: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
ヘテロ分子

X: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子

X: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,08611
ポリマ－92,8745
非ポリマー2136
水905
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
2
X: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子

X: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子

X: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,45912
ポリマ－113,2466
非ポリマー2136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area13600 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area40040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.763, 109.763, 78.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form / Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of ...Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced cytokine / TRANCE /


分子量: 17376.463 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 162-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CD254, ODF, Opgl, Rankl, Tnfsf11, Trance / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O35235
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B / Osteoclastogenesis inhibitory factor / Osteoprotegerin


分子量: 20372.166 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 B / 遺伝子: Ocif, Opg, Osteoprotegerin, Tnfrsf11b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): HIGH FIVE / 参照: UniProt: O08712
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 100 mM sodium phosphate/citrate buffer, 14% polyethylene glycol 8000 and 250 mM sodium chloride, pH 4.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9951 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14915 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 48.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.82.80.5631100
2.8-2.912.80.3851100
2.91-3.042.90.2811100
3.04-3.22.90.191100
3.2-3.42.80.1411100
3.4-3.662.90.117199.8
3.66-4.032.90.089199.4
4.03-4.622.80.062199.7
4.62-5.812.90.048198.9
5.81-502.90.029195.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JTZ

1jtz


解像度: 2.7→40.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1476 10.15 %
Rwork0.194 --
obs0.202 14542 97.1 %
all-42626 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 2 93 2372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5933171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.943852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.78710.28331270.23771111X-RAY DIFFRACTION92
2.7871-2.88670.2841140.23381164X-RAY DIFFRACTION95
2.8867-3.00230.28171350.22091172X-RAY DIFFRACTION96
3.0023-3.13890.25011330.20781178X-RAY DIFFRACTION97
3.1389-3.30430.26231300.20751209X-RAY DIFFRACTION99
3.3043-3.51120.21931170.20081212X-RAY DIFFRACTION99
3.5112-3.78210.2311480.1841202X-RAY DIFFRACTION100
3.7821-4.16240.23321300.17041203X-RAY DIFFRACTION98
4.1624-4.76390.1831570.16111209X-RAY DIFFRACTION99
4.7639-5.99890.2211230.19251228X-RAY DIFFRACTION99
5.9989-40.70340.2661620.23671178X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.57751.5397-2.23812.83550.75632.6150.6831-1.3538-0.44850.2598-0.4248-0.24711.13371.2059-0.32461.18390.0909-0.14250.80770.12740.635766.6807-1.080827.5509
20.55590.0931.39432.2446-0.34163.6470.07770.1495-0.22550.0877-0.22120.07571.49480.51570.13581.25710.08090.04590.5755-0.0340.706958.65392.41194.5034
34.5249-0.1382-4.00952.96530.07426.6838-0.06580.59580.2261-0.93420.5103-1.43530.94821.9733-0.31921.09080.10730.24991.1385-0.22320.820668.747310.847-18.4317
40.2621-1.43650.69968.1575-2.73936.08770.5490.55970.0664-1.4366-1.0267-0.41040.9980.56230.05011.7367-0.55120.54912.557-0.58891.146182.886911.2919-29.3658
56.4417-5.5088-4.3514.82154.17624.8081-0.0515-0.05990.2790.35160.4126-0.3805-0.59670.1375-0.50551.3552-0.13260.34531.4101-0.03661.350476.59627.6354-33.8245
64.03710.8075.31669.11081.47578.68480.12310.7271-0.5028-0.60510.1119-1.19430.52681.6495-0.22570.3580.0008-0.040.52040.06130.613472.15129.26344.8917
72.80130.2372-0.64583.778-0.04553.3380.0219-0.171-0.3190.2644-0.1318-0.57420.23751.20250.13550.30240.00970.01020.57350.0510.361969.500428.71577.936
827.6293-5.78926.061-5.56456.31180.909-0.85681.01341.33880.35760.2483-1.093-0.2267-1.12781.6324-0.45650.2912.12030.0750.947468.256631.4592-25.0154
95.66440.8088-0.20154.75260.66043.51150.03750.4758-0.5162-0.5537-0.1493-0.25630.75090.72740.20820.42920.00970.06550.2559-0.08310.340663.083720.9015-2.4835
102.58240.0776-0.03684.47160.6424.9911-0.0348-0.05230.00260.0052-0.0134-0.05070.2050.62250.0630.14890.006-0.0280.30460.0130.305864.269328.02754.7835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain R and resid 7:39)R7 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2(chain R and resid 40:88)R40 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3(chain R and resid 89:121)R89 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4(chain R and resid 122:125)R122 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5(chain R and resid 126:141)R126 - 141
6X-RAY DIFFRACTION6(chain X and resid 162:179)X162 - 179
7X-RAY DIFFRACTION7(chain X and resid 180:226)X180 - 226
8X-RAY DIFFRACTION8(chain X and resid 227:232)X227 - 232
9X-RAY DIFFRACTION9(chain X and resid 233:266)X233 - 266
10X-RAY DIFFRACTION10(chain X and resid 267:315)X267 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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