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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dvb | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the Fab fragment of pro-uPA antibody mAb-112 | ||||||
![]() | (Fab fragment of pro-uPA antibody mAb-112) x 2 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, L. / Botkjaer, K.A. / Andersen, L.M. / Yuan, C. / Andreasen, P.A. / Huang, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rezymogenation of active urokinase induced by an inhibitory antibody. 著者: Jiang, L. / Botkjaer, K.A. / Andersen, L.M. / Yuan, C. / Andreasen, P.A. / Huang, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23003.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23599.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2.3M ammonium sulfate, 100mM Tris-HCl (pH 7.4), 5% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→77.67 Å / Num. obs: 67906 / % possible obs: 98.52 % / 冗長度: 9.9 % |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 7.4 % / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.998 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→77.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.933→1.983 Å / Total num. of bins used: 20
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