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- PDB-4dmh: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H207... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dmh
タイトルCrystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H207A mutation
要素Putative hydrolase
キーワードHYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative hydrolase / Putative hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bahl, C.D. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Inhibiting an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa Protects CFTR.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.
履歴
登録2012年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hydrolase
B: Putative hydrolase
C: Putative hydrolase
D: Putative hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,7598
ポリマ－136,3914
非ポリマー3684
水14,844824
1
A: Putative hydrolase
B: Putative hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3794
ポリマ－68,1952
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
2
C: Putative hydrolase
D: Putative hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3794
ポリマ－68,1952
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.839, 83.761, 89.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-642-

HOH

21D-708-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative hydrolase


分子量: 34097.633 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: H207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14, PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 13% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.18 Å / Num. obs: 94122 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 30022 / Rsym value: 0.336 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2

3kd2


解像度: 1.9→46.173 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 4706 5 %thin shells
Rwork0.1622 ---
obs0.1639 94109 97.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.73 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3171 Å2-0 Å20.3631 Å2
2---2.0597 Å2-0 Å2
3---3.3767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9452 0 24 824 10300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00713306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.333580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.212270.17752884X-RAY DIFFRACTION96
1.9216-1.94421000000000.16793085X-RAY DIFFRACTION96
1.9442-1.96790.22642330.16222828X-RAY DIFFRACTION96
1.9679-1.99280.22232300.16552884X-RAY DIFFRACTION97
1.9928-2.01911000000000.16483074X-RAY DIFFRACTION96
2.0191-2.04670.20692330.15932918X-RAY DIFFRACTION97
2.0467-2.0760.20832350.15882815X-RAY DIFFRACTION97
2.076-2.1071000000000.1563098X-RAY DIFFRACTION97
2.107-2.13990.20762360.14972897X-RAY DIFFRACTION97
2.1399-2.1750.18722390.15362863X-RAY DIFFRACTION97
2.175-2.21251000000000.1583094X-RAY DIFFRACTION97
2.2125-2.25270.20432360.15122886X-RAY DIFFRACTION97
2.2527-2.2960.20272360.15252934X-RAY DIFFRACTION97
2.296-2.34291000000000.15543077X-RAY DIFFRACTION97
2.3429-2.39380.19822390.15642877X-RAY DIFFRACTION97
2.3938-2.44950.20972320.15692903X-RAY DIFFRACTION97
2.4495-2.51081000000000.16523126X-RAY DIFFRACTION97
2.5108-2.57860.20372330.16132893X-RAY DIFFRACTION98
2.5786-2.65450.19932370.1622912X-RAY DIFFRACTION98
2.6545-2.74021000000000.16023134X-RAY DIFFRACTION98
2.7402-2.83810.20472380.1572932X-RAY DIFFRACTION98
2.8381-2.95170.2122380.1682906X-RAY DIFFRACTION98
2.9517-3.0861000000000.17573173X-RAY DIFFRACTION98
3.086-3.24870.19142360.15962937X-RAY DIFFRACTION98
3.2487-3.45220.17132380.15312918X-RAY DIFFRACTION98
3.4522-3.71861000000000.15143198X-RAY DIFFRACTION98
3.7186-4.09260.16472350.14452968X-RAY DIFFRACTION98
4.0926-4.68430.15312370.12562942X-RAY DIFFRACTION98
4.6843-5.89991000000000.14043223X-RAY DIFFRACTION99
5.8999-46.18670.18792380.16633024X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4948-0.0050.09760.49050.03120.57210.0021-0.0439-0.06750.0422-0.00750.05330.0765-0.0333-0.00030.0290.00160.0070.02980.01250.0182-22.0479-3.435327.3738
20.6615-0.3863-0.05430.5273-0.10940.3315-0.02470.01940.0905-0.0180.0163-0.006-0.0310.00690.00090.02980.0129-0.01760.02180.00180.05-31.158136.07915.7401
30.41350.0447-0.01230.47310.03270.42240.006-0.00730.09810.0199-0.0052-0.0442-0.070.01100.0250.0030.00290.0197-0.00730.03985.704929.38727.1103
40.6088-0.1582-0.00460.39490.09290.24880.00620.0248-0.038-0.0101-0.0068-0.06710.0266-0.0029-0.00810.03350.02070.0070.0335-0.00640.006614.7536-10.160515.7029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 25:321)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 25:320)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 25:320)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 25:321)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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