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- PDB-4bc1: Structure of mouse acetylcholinesterase inhibited by CBDP (30-min... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bc1
タイトルStructure of mouse acetylcholinesterase inhibited by CBDP (30-min soak): cresyl-saligenin-phosphoserine adduct
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / BUTYRYLCHOLINESTERASE / NERVE TRANSMISSION / INHIBITOR / ALPHA-BETA HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / synapse assembly / collagen binding / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / nuclear envelope / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-CRESYL-SALIGENIN PHOSPHATE / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Carletti, E. / Colletier, J.-P. / Schopfer, L.M. / Santoni, G. / Masson, P. / Lockridge, O. / Nachon, F. / Weik, M.
引用ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2013
タイトル: Inhibition Pathways of the Potent Organophosphate Cbdp with Cholinesterases Revealed by X-Ray Crystallographic Snapshots and Mass Spectrometry
著者: Carletti, E. / Colletier, J.-P. / Schopfer, L.M. / Santoni, G. / Masson, P. / Lockridge, O. / Nachon, F. / Weik, M.
履歴
登録2012年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
B: ACETYLCHOLINESTERASE
C: ACETYLCHOLINESTERASE
D: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,61441
ポリマ－239,0584
非ポリマー4,55637
水15,043835
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,96312
ポリマ－59,7641
非ポリマー1,19811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8258
ポリマ－59,7641
非ポリマー1,0607
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,71010
ポリマ－59,7641
非ポリマー9459
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,11711
ポリマ－59,7641
非ポリマー1,35210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.540, 173.250, 224.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCD

#1: タンパク質
ACETYLCHOLINESTERASE / ACHE


分子量: 59764.488 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CRESYL-SALIGENIN-PHOSPHATE ADDUCT ON S203 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGS / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 865分子

#2: 化合物
ChemComp-TQV / O-CRESYL-SALIGENIN PHOSPHATE


分子量: 294.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15O5P
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4
詳細: 0.1 M TRIS HCL BUFFER PH 7.4, 1.6 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.3 Å / Num. obs: 111473 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 63.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A16

4a16


解像度: 2.95→48.285 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 3344 3 %
Rwork0.1863 --
obs0.1879 111450 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16791 0 260 835 17886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00917683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36824190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4986363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0852580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-2.99210.37061370.32794428X-RAY DIFFRACTION99
2.9921-3.03680.3941370.32454434X-RAY DIFFRACTION99
3.0368-3.08420.37561380.30614470X-RAY DIFFRACTION99
3.0842-3.13480.36271360.29424402X-RAY DIFFRACTION99
3.1348-3.18880.37211380.28964456X-RAY DIFFRACTION99
3.1888-3.24680.32621380.27374456X-RAY DIFFRACTION99
3.2468-3.30920.32641380.2624477X-RAY DIFFRACTION99
3.3092-3.37680.31380.24934441X-RAY DIFFRACTION100
3.3768-3.45020.28921380.23314481X-RAY DIFFRACTION100
3.4502-3.53040.27971380.21994464X-RAY DIFFRACTION100
3.5304-3.61870.24931390.20144486X-RAY DIFFRACTION100
3.6187-3.71650.27331390.19434481X-RAY DIFFRACTION100
3.7165-3.82580.24661380.18264489X-RAY DIFFRACTION100
3.8258-3.94920.22521400.16884523X-RAY DIFFRACTION100
3.9492-4.09030.22641390.15854495X-RAY DIFFRACTION100
4.0903-4.2540.19751400.15214515X-RAY DIFFRACTION100
4.254-4.44750.18751390.13884504X-RAY DIFFRACTION100
4.4475-4.68180.18511410.13244544X-RAY DIFFRACTION100
4.6818-4.97480.20691400.1314520X-RAY DIFFRACTION100
4.9748-5.35850.19461400.14324548X-RAY DIFFRACTION100
5.3585-5.89690.18881410.14314547X-RAY DIFFRACTION100
5.8969-6.74820.19111420.15874581X-RAY DIFFRACTION100
6.7482-8.49440.19911420.15634599X-RAY DIFFRACTION99
8.4944-48.29130.20081480.18724765X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91620.4194-0.1652.1128-0.24061.0856-0.04420.103-0.00330.10790.05760.0157-0.1221-0.08160.01730.1548-0.03640.02980.1658-0.01910.14235.7557-28.87886.0218
21.0905-0.32940.31881.2305-0.45041.1011-0.1406-0.3003-0.0840.54650.3940.3852-0.6049-0.91640.1820.68640.49230.21240.42580.07730.3489-8.522626.953466.2992
30.8768-0.01730.22841.2883-0.08871.7093-0.0958-0.0109-0.05890.0867-0.0237-0.1211-0.07230.2718-0.09730.14240.02440.0850.12550.05860.153224.142912.117924.9778
41.1412-0.12530.32341.1683-0.27482.1933-0.0340.21160.1893-0.0537-0.1228-0.2087-0.07860.3692-0.13440.1774-0.0543-0.06390.30810.11190.277947.66185.498580.7386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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