PDB-4bag: Feruloyl Esterase Domain of XYNY from Clostridium thermocellum af...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bag

タイトル

Feruloyl Esterase Domain of XYNY from Clostridium thermocellum after exposure to 266nm UV laser

要素

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulosome / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pereira, P.J.B. / de Sanctis, D.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: In-House Uv Radiation-Damage-Induced Phasing of Selenomethionine-Labeled Protein Structures.
著者: Pereira, P.J.B. / Royant, A. / Panjikar, S. / De Sanctis, D.

履歴

登録	2012年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年4月4日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.type
改定 2.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _software.version
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bag.cif.gz	221.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bag.ent.gz	183.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4bag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4bag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4baiC 4bajC 4h35C 1dyo 1gkk 1gkl 1h6x 1h6y 1ohz 1wb4 1wb5 1wb6 2ccl 2w5f 2wys 2wze C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y8g-1 1gkk-2 6fj4-d 1gkk-1 4imb-1 1wb4-2 2v91-1 5ogo-d 1wb6-1 3zi7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.370, 108.400, 112.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, 0.01354, 0.002644), (0.004003, 0.1014, 0.9948), (0.01321, 0.9948, -0.1014)
ベクター: 14.5997, 70.6779, -78.5817)

#1: タンパク質	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y / XYLANASE Y / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE Y / XYLY 分子量: 34266.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51584, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 詳細: HEPES PH 7.5 100MM, NA ACETATE 1M, CD ACETATE 50 MM, GLYCEROL 5%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION GEMINI / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: AGILENT / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 63630 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 10.13 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
SHELX	位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→14.86 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 16.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	6191	5.1 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.1682	63588	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 7 Å² / k_sol: 0.5 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4580	0	14	318	4912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4768
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	6495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.248	1678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	853

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9215	0.2716	180	0.2442	3658	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9215-1.9441	0.2692	197	0.2253	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9441-1.9677	0.2275	189	0.213	3839	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9677-1.9926	0.2375	189	0.2058	3866	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9926-2.0187	0.2309	216	0.201	3839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0187-2.0463	0.2234	210	0.1983	3864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0463-2.0755	0.2077	177	0.1959	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0755-2.1064	0.2133	199	0.1778	3865	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1064-2.1392	0.2267	190	0.1774	3833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1392-2.1742	0.2295	186	0.1719	3931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1742-2.2115	0.2287	192	0.1683	3812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2115-2.2516	0.2052	222	0.1625	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2516-2.2948	0.1729	205	0.1602	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2948-2.3414	0.2009	201	0.1628	3843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3414-2.3921	0.2005	221	0.1477	3850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3921-2.4475	0.1648	197	0.1511	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4475-2.5085	0.1681	218	0.1529	3869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5085-2.576	0.1585	239	0.1546	3812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.576-2.6513	0.1844	224	0.1611	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6513-2.7364	0.1799	195	0.1639	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7364-2.8336	0.2111	227	0.1672	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8336-2.9462	0.1976	214	0.1672	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9462-3.0791	0.1858	225	0.1638	3824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0791-3.2399	0.185	203	0.1677	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2399-3.4405	0.1864	220	0.1668	3849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4405-3.7024	0.162	220	0.1565	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7024-4.068	0.1548	172	0.1396	3890	X-RAY DIFFRACTION	100
4.068-4.6409	0.1242	238	0.1331	3778	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6409-5.789	0.1406	198	0.1525	3785	X-RAY DIFFRACTION	98
5.789-14.8609	0.208	227	0.1707	3746	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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