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- PDB-1gkk: Feruloyl esterase domain of XynY from clostridium thermocellum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gkk
タイトルFeruloyl esterase domain of XynY from clostridium thermocellum
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
キーワードHYDROLASE / FERULIC ACID / ESTERASE FAMILY 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulosome / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain ...Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endo-1,4-beta-xylanase Y
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Prates, J.A.M. / Tarbouriech, N. / Charnock, S.J. / Fontes, C.M.G.A. / Ferreira, L.M.A. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: The Structure of the Feruloyl Esterase Module of Xylanase 10B from Clostridium Thermocellum Provides Insights Into Substrate Recognition
著者: Prates, J.A.M. / Tarbouriech, N. / Charnock, S.J. / Fontes, C.M.G.A. / Ferreira, L.M.A. / Davies, G.J.
履歴
登録2001年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,74913
ポリマ－68,5332
非ポリマー1,21611
水13,529751
1
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8296
ポリマ－34,2671
非ポリマー5625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9217
ポリマ－34,2671
非ポリマー6546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.381, 108.793, 113.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y / CBM22-2 / XYLANASE Y / XYLY / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE Y


分子量: 34266.562 Da / 分子数: 2 / 断片: FERULOYL ESTERASE DOMAIN RESIDUES 792-1077 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
株: YS / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51584, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.5
詳細: HEPES PH 7.5 100MM, NA ACETATE 1M, CD ACETATE 50 MM, GLYCEROL 5%
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5
35 mMdithiothreitol1reservoir
450 mM1reservoirCdSO4
55 %(v/v)glycerol1reservoir
61 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9754,0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: CYLINDRICAL GRAZING INCIDENCE MIRROR
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97541
20.97961
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 106584 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.489 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 5323 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.155 101173 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4574 0 16 751 5341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214823
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5761.9176568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg2.80139375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.31041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.33975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.3230.516
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.173011
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.317
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2360.335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.534
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9191.52831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51124589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33731992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4764.51978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.21 362
Rwork0.195 6890
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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