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Yorodumi- PDB-4imb: Structure of strictosidine synthase in complex with 2-(1-methyl-1... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4imb | ||||||
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Title | Structure of strictosidine synthase in complex with 2-(1-methyl-1H-indol-3-yl)ethanamine | ||||||
Components | Strictosidine synthase | ||||||
Keywords | LYASE/LYASE INHIBITOR / Strictosidine synthase / strictosidine / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rauvolfia serpentina (serpentwood) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.703 Å | ||||||
Authors | Stoeckigt, J. / Fangrui, W. / Wang, M. / Rajendran, C. | ||||||
Citation | Journal: Curr.Med.Chem. / Year: 2015 Title: Using Strictosidine Synthase to Prepare Novel Alkaloids. Authors: Zhu, H. / Kercmar, P. / Wu, F. / Rajendran, C. / Sun, L. / Wang, M. / Stockigt, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4imb.cif.gz | 242.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4imb.ent.gz | 207.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4imb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33693.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rauvolfia serpentina (serpentwood) / Gene: STR1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P68175, strictosidine synthase #2: Chemical | ChemComp-1ES / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 68.47 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1 Å |
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Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→37.445 Å / Num. all: 27472 / Num. obs: 27432 / Observed criterion σ(I): 2 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8_1069) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.703→37.445 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 2 / Phase error: 31.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.703→37.445 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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