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- PDB-4imb: Structure of strictosidine synthase in complex with 2-(1-methyl-1... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4imb | ||||||
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Title | Structure of strictosidine synthase in complex with 2-(1-methyl-1H-indol-3-yl)ethanamine | ||||||
![]() | Strictosidine synthase![]() | ||||||
![]() | LYASE/LYASE INHIBITOR / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stoeckigt, J. / Fangrui, W. / Wang, M. / Rajendran, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Using Strictosidine Synthase to Prepare Novel Alkaloids. Authors: Zhu, H. / Kercmar, P. / Wu, F. / Rajendran, C. / Sun, L. / Wang, M. / Stockigt, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 242.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 207.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 311.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 324.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 33693.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-1ES / | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 68.47 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.7→37.445 Å / Num. all: 27472 / Num. obs: 27432 / Observed criterion σ(I): 2 |
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Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8_1069) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.703→37.445 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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