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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4imb | ||||||
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タイトル | Structure of strictosidine synthase in complex with 2-(1-methyl-1H-indol-3-yl)ethanamine | ||||||
要素 | Strictosidine synthase | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / Strictosidine synthase / strictosidine / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / 液胞 / biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rauvolfia serpentina (インドジャボク) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.703 Å | ||||||
データ登録者 | Stoeckigt, J. / Fangrui, W. / Wang, M. / Rajendran, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Curr.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Using Strictosidine Synthase to Prepare Novel Alkaloids. 著者: Zhu, H. / Kercmar, P. / Wu, F. / Rajendran, C. / Sun, L. / Wang, M. / Stockigt, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4imb.cif.gz | 242.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4imb.ent.gz | 207.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4imb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33693.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (インドジャボク) 遺伝子: STR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68175, strictosidine synthase #2: 化合物 | ChemComp-1ES / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å |
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検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→37.445 Å / Num. all: 27472 / Num. obs: 27432 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.703→37.445 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 2 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.703→37.445 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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