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万見
- PDB-1ohz: Cohesin-Dockerin complex from the cellulosome of Clostridium ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ohz
タイトルCohesin-Dockerin complex from the cellulosome of Clostridium thermocellum
要素
  • CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
  • ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
キーワードCELL ADHESION / COHESIN-DOCKERIN COMPLEX / COHESIN / DOCKERIN / CELLULOSOME / CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM / CELLULOSE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulosome / cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 ...Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Endo-1,4-beta-xylanase Y / Cellulosomal-scaffolding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Carvalho, A.L. / Dias, F.M.V. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. / Romao, M.J. / Fontes, C.M.G.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Cellulosome Assembly Revealed by the Crystal Structure of the Cohesin-Dockerin Complex
著者: Carvalho, A.L. / Dias, F.M.V. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. / Romao, M.J. / Fontes, C.M.G.A.
履歴
登録2003年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8448
ポリマ－23,5432
非ポリマー3026
水2,072115
1
A: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子

A: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子

A: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,53324
ポリマ－70,6286
非ポリマー90518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.906, 97.906, 97.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2009-

HOH

21B-2014-

HOH

詳細THIS MAY BE THE RESULT OF CRYSTAL PACKING

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A / CELLULOSOMAL GLYCOPROTEIN S1/SL / CELLULOSE INTEGRATING PROTEIN A / COHESIN


分子量: 17027.117 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 181-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06851
#2: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y / XYLANASE Y / XYLY / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE Y


分子量: 6515.437 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 733-791 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51584, endo-1,4-beta-xylanase

-
非ポリマー , 5種, 121分子

#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.97 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mM11CaCl2
20.2 M11KNO3
320 %(w/v)PEG335011
46 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.976288
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976288 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.201→17.04 Å / Num. obs: 16170 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 17.04 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANU

1anu


解像度: 2.2→17 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24175 810 5 %RANDOM
Rwork0.20974 ---
obs0.21132 15291 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1443 0 15 115 1573
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 17 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg0.777
X-RAY DIFFRACTIONchiral_restr0.051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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