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万見
- PDB-4b1d: New Aminoimidazoles as BACE-1 Inhibitors: From Rational Design to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b1d
タイトルNew Aminoimidazoles as BACE-1 Inhibitors: From Rational Design to Ab- lowering in Brain
要素BETA-SECRETASE 1
キーワードHYDROLASE / LEAD GENERATION / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition / cellular response to copper ion / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine kinase binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6TG / ACETATE ION / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rahm, F. / Blid, J. / Ginman, T. / Karlstrom, S. / Kihlstrom, J. / Kolmodin, K. / Lindstrom, J. / von Berg, S. / von Kieseritzky, F. / Slivo, C. ...Rahm, F. / Blid, J. / Ginman, T. / Karlstrom, S. / Kihlstrom, J. / Kolmodin, K. / Lindstrom, J. / von Berg, S. / von Kieseritzky, F. / Slivo, C. / Swahn, B. / Viklund, J. / Olsson, L. / Johansson, P. / Eketjall, S. / Falting, J. / Jeppsson, F. / Stromberg, K. / Janson, J. / Gravenfors, Y.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2012
タイトル: New aminoimidazoles as beta-secretase (BACE-1) inhibitors showing amyloid-beta (A beta ) lowering in brain.
著者: Gravenfors, Y. / Viklund, J. / Blid, J. / Ginman, T. / Karlstrom, S. / Kihlstrom, J. / Kolmodin, K. / Lindstrom, J. / von Berg, S. / von Kieseritzky, F. / Bogar, K. / Slivo, C. / Swahn, B.M. ...著者: Gravenfors, Y. / Viklund, J. / Blid, J. / Ginman, T. / Karlstrom, S. / Kihlstrom, J. / Kolmodin, K. / Lindstrom, J. / von Berg, S. / von Kieseritzky, F. / Bogar, K. / Slivo, C. / Swahn, B.M. / Olsson, L.L. / Johansson, P. / Eketjall, S. / Falting, J. / Jeppsson, F. / Stromberg, K. / Janson, J. / Rahm, F.
履歴
登録2012年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7024
ポリマ－43,1991
非ポリマー5043
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.806, 75.915, 104.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-SECRETASE 1 / ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP2 / ASP 2 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / BETA- ...ASPARTYL PROTEASE 2 / ASP2 / ASP 2 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 1 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 1 / MEMAPSIN-2 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 2


分子量: 43198.703 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 58-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-6TG / (2S)-2-(4-methoxy-3,5-dimethylphenyl)-5-methyl-2-(3-pyrimidin-5-ylphenyl)-2H-imidazol-4-amine


分子量: 385.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→37.72 Å / Num. obs: 28448 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 27.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→37.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9446 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9276 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 1369 5.04 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1887 27166 95.43 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4169 Å20 Å20 Å2
2---0.1394 Å20 Å2
3---1.5562 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.211 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 37 271 3264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013099HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.134224HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1035SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes467HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3099HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion394SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3714SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 143 5.55 %
Rwork0.2619 2435 -
all0.264 2578 -
obs--95.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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