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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4al3 | ||||||
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タイトル | peptide deformylase (Co-form) with mercaptoethanol | ||||||
![]() | PEPTIDE DEFORMYLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / OXIDATION-REDUCTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() co-translational protein modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / ferrous iron binding / ribosome binding / hydrolase activity / translation / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Palm, G.J. / Hinrichs, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Fret Enzyme-Based Probe for Monitoring Hydrogen Sulfide. 著者: Strianese, M. / Palm, G.J. / Milione, S. / Kuhl, O. / Hinrichs, W. / Pellecchia, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21244.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-BME / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | COBALT (II) ION (CO): REPLACES NATIVE DIVALENT FE BETA-MERCAPTOET |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % 解説: REFLECTIONS FROM 2.30 - 2.21 A REMOVED BECAUSE OF ICE RING |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6 詳細: 20.5% PEG 4000, 100 MM NA-ACETATE PH 4.0, 293 K. TRANSFERRED TO 20% PEG, 50 MM ACETATE PH 6.0, THEN SOAKED WITH 10 MM MERCAPTOETHANOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→20 Å / Num. obs: 13528 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 56 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2W3T 解像度: 1.98→48.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 15.129 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CO - BME S2 DISTANCE WAS RESTRAINED TO 2.30 ANGSTROM, ESD 0.10 A.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.616 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.18 Å
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拘束条件 |
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