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万見
- PDB-2w3t: Chloro complex of the Ni-Form of E.coli deformylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w3t
タイトルChloro complex of the Ni-Form of E.coli deformylase
要素PEPTIDE DEFORMYLASE
キーワードHYDROLASE / PROTEIN BIOSYNTHESIS / IRON / NICKEL / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / ferrous iron binding / ribosome binding / translation / hydrolase activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / NICKEL (II) ION / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Ngo, Y.H.T. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Ni(II) Complex of Escherichia Coli Peptide Deformylase and Suggestions on Deformylase Activities Depending on Different Metal(II) Centres.
著者: Yen, N.T.H. / Bogdanovic, X. / Palm, G.J. / Kuhl, O. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Iron Center, Substrate Recognition and Mechanism of Peptide Deformylase.
著者: Becker, A. / Schlichting, I. / Kabsch, W. / Groche, D. / Schultz, S. / Wagner, A.F.
履歴
登録2008年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE DEFORMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5804
ポリマ－21,4401
非ポリマー1403
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.080, 35.980, 67.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2051-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDE DEFORMYLASE / PDF / POLYPEPTIDE DEFORMYLASE


分子量: 21439.650 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6K3, EC: 3.5.1.31
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 4 / 詳細: 20.5% PEG4000, 100MM NAOAC PH 4.0, 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月8日 / 詳細: OSMIC MULTILAYER
放射モノクロメーター: OSMIC MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→40 Å / Num. obs: 19326 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.29 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 1.74 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 56.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0047精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A18

2a18


解像度: 1.69→62.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.744 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ONLY RESIDUAL U VALUES ARE SHOWN. CL A 1002 AND HOH A 1004 TO 1005 ALTERNATIVELY OCCUPY THE ACTIVE SITE HOH A A 1004 AND HOH A 1005 HAVE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ONLY RESIDUAL U VALUES ARE SHOWN. CL A 1002 AND HOH A 1004 TO 1005 ALTERNATIVELY OCCUPY THE ACTIVE SITE HOH A A 1004 AND HOH A 1005 HAVE BEEN REFINED WITH THE DISTANCE RESTRAINED TO 2.6 A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24322 1969 10.1 %RANDOM
Rwork0.21279 ---
obs0.21594 17518 94.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.48 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→62.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1340 0 5 176 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0781.9991860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.35172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76724.55968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73415281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5961514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3891.5849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78721380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5643532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8164.5479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.528 102
Rwork0.446 805
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.198 Å / Origin y: 2.742 Å / Origin z: 15.584 Å
111213212223313233
T0.1272 Å2-0.0103 Å2-0.0087 Å2-0.0789 Å20.0031 Å2--0.0067 Å2
L1.9493 °20.0597 °2-0.4233 °2-0.6131 °2-0.0362 °2--2.4501 °2
S-0.0955 Å °0.1209 Å °0.0073 Å °-0.0288 Å °0.0497 Å °-0.0348 Å °0.0156 Å °0.0754 Å °0.0458 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1003
3X-RAY DIFFRACTION1A2112
4X-RAY DIFFRACTION1A2140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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