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- PDB-4v5b: Structure of PDF binding helix in complex with the ribosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v5b
タイトルStructure of PDF binding helix in complex with the ribosome.
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 29
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • C-TERM HELIX PDF
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION / PEPTIDE DEFORMYLASE / RNA-PROTEIN COMPLEX / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN / 50S RIBOSOMAL SUBUNIT / ANTIBIOTIC RESISTANCE / NASCENT CHAIN PROCESSING / RNA-BINDING / TRANSLATION REGULATION / TRNA BINDING / PROTEIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / co-translational protein modification / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding ...peptide deformylase / peptide deformylase activity / co-translational protein modification / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / ferrous iron binding / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / hydrolase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily ...Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Peptide deformylase / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Bingel-Erlenmeyer, R. / Kohler, R. / Kramer, G. / Sandikci, A. / Antolic, S. / Maier, T. / Schaffitzel, C. / Wiedmann, B. / Bukau, B. / Ban, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: A Peptide Deformylase-Ribosome Complex Reveals Mechanism of Nascent Chain Processing.
著者: Bingel-Erlenmeyer, R. / Kohler, R. / Kramer, G. / Sandikci, A. / Antolic, S. / Maier, T. / Schaffitzel, C. / Wiedmann, B. / Bukau, B. / Ban, N.
履歴
登録2007年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2VHM, 2VHN, 2VHO, 2VHP
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _entity.src_method
改定 1.32022年4月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年3月8日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
A1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
A2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
A3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
A4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
A5: C-TERM HELIX PDF
AA: 5S RIBOSOMAL RNA
AB: 23S RIBOSOMAL RNA
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AD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
AE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
AF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
AG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
AH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
AI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
AJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
AK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
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AW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
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AZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
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BS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
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C2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
C3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
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CG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
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DG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
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DM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
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DR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
DS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
DT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
DU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,295,349448
ポリマ－4,287,012105
非ポリマー8,337343
水29,1301617
1
A0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
A1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
A2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
A3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
A4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
A5: C-TERM HELIX PDF
AA: 5S RIBOSOMAL RNA
AB: 23S RIBOSOMAL RNA
AC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
AD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
AE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
AF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
AG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
AH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
AI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
AJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
AK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
AL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
AM: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
AN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
AO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
AP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
AQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
AR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
AS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
AT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
AU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
AV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
AW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
AX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
AY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
AZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
BA: 16S RIBOSOMAL RNA
BB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
BC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
BD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
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BF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
BG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
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BI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
BJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
BK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
BL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
BN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
BO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
BP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
BQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
BR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
BS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
BT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
BU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,148,602223
ポリマ－2,144,47053
非ポリマー4,132170
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
C1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
C2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
C3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
C4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
CA: 5S RIBOSOMAL RNA
CB: 23S RIBOSOMAL RNA
CC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
CD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
CE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
CF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
CG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
CH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
CI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
CJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
CK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
CL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
CM: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
CN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
CO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
CP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
CQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
CR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
CS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
CT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
CU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
CV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
CW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
CX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
CY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
CZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
DA: 16S RIBOSOMAL RNA
DB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
DC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
DD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
DE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
DF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
DG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
DH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
DI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
DJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
DK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
DL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
DM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
DN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
DO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
DP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
DQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
DR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
DS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
DT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
DU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,146,747225
ポリマ－2,142,54352
非ポリマー4,205173
水39622
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)208.181, 380.083, 736.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 29種, 58分子 A0C0A1C1A2C2A3C3A4C4ACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCL...

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q0TIY5, UniProt: P0A7N4*PLUS
#2: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 6257.436 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-55 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#3: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P6, UniProt: P0A7P5*PLUS
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-65 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#5: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q7, UniProt: P0A7Q6*PLUS
#9: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60424, UniProt: P60422*PLUS
#10: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60439, UniProt: P60438*PLUS
#11: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60725, UniProt: P60723*PLUS
#12: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-179 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62401, UniProt: P62399*PLUS
#13: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-177 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG57, UniProt: P0AG55*PLUS
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-142 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J8, UniProt: P0A7J7*PLUS
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q1R6A9, UniProt: P0AA10*PLUS
#17: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q1R617, UniProt: P0ADY3*PLUS
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY7
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q0TCG7, UniProt: P0AG44*PLUS
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-57 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-115 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-118 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q0TCS4, UniProt: P0AG48*PLUS
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61176, UniProt: P61175*PLUS
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q1R606, UniProt: P0ADZ0*PLUS
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-104 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60625, UniProt: P60624*PLUS
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-85 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L9, UniProt: P0A7L8*PLUS
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M7, UniProt: P0A7M6*PLUS
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-59 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q0TCF9, UniProt: P0AG51*PLUS
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N0, UniProt: P0A7M9*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A5

#6: タンパク質・ペプチド C-TERM HELIX PDF


分子量: 1927.317 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6K3

-
RNA鎖 , 3種, 6分子 AACAABCBBADA

#7: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600
#8: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600
#33: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 BBDBBCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDP...

#34: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 26650.475 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-241 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V1, UniProt: P0A7V0
#35: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-233 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V4, UniProt: P0A7V3
#36: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-206 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600
参照: UniProt: Q0TCG5, UniProt: A1AGI7, UniProt: P0A7V8*PLUS
#37: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-167 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1, UniProt: P0A7W3
#38: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600
参照: UniProt: P0A4D0, UniProt: P0A4D1, UniProt: P02358*PLUS
#39: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-156 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P66606, UniProt: P02359*PLUS
#40: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-130 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A1AGJ5, UniProt: P0A7W7
#41: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-130 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3, UniProt: P0A7X4
#42: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5, UniProt: P0A7R6
#43: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-129 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A1AGI8, UniProt: P0A7R9*PLUS
#44: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-124 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3, UniProt: P0A7S4
#45: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-118 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T1, UniProt: P0A7S9
#46: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-101 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59, UniProt: P0AG61
#47: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10319.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q8X9M2, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#48: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3, UniProt: P0A7T4
#49: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-84 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600
参照: UniProt: Q1R616, UniProt: P0AG65, UniProt: P0AG63*PLUS
#50: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-75 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7, UniProt: P0A7T9
#51: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-92 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q0TCE5, UniProt: P0A7U3*PLUS
#52: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-87 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600
参照: UniProt: Q0TLW7, UniProt: P0A7U9, UniProt: P0A7U7*PLUS
#53: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68680, UniProt: P68679

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非ポリマー , 2種, 1960分子

#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A5, LEU 147 TO ALA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.82 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.74→50 Å / Num. obs: 546832 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 5.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AW4

2aw4
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.74→50 Å / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 5544 1 %
Rwork0.259 --
obs-546832 91.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.74→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26327 63502 110 503 90442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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