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Yorodumi- PDB-4v7t: Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4v7t | |||||||||
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Title | Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. | |||||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME/ANTIBIOTIC / Protein biosynthesis / ribosomes / RNA / tRNA / transfer / erythromycin / ketolide / macrolide / antibiotic / exit / peptidyl / 30S / 70S / 16S / ribosomal subunit / small / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 3.1942 Å | |||||||||
Authors | Dunkle, J.A. / Xiong, L. / Mankin, A.S. / Cate, J.H.D. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2010 Title: Structures of the Escherichia coli ribosome with antibiotics bound near the peptidyl transferase center explain spectra of drug action. Authors: Dunkle, J.A. / Xiong, L. / Mankin, A.S. / Cate, J.H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4v7t.cif.gz | 8.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4v7t.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 4v7t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/4v7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/4v7t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4v7sC 4v7uC 4v7vC 3i1m 3i1n 3i1o 3i1p C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-RNA chain , 6 types, 6 molecules AABABBCADADB
#1: RNA chain | Mass: 496892.375 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / References: GenBank: AP009048.1 |
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#22: RNA chain | Mass: 941306.188 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / References: GenBank: 33357927 |
#23: RNA chain | Mass: 38177.762 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K-12 / References: GenBank: CP000948.1 |
#53: RNA chain | Mass: 495927.719 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / References: GenBank: AP009048.1 |
#57: RNA chain | Mass: 941612.375 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / References: GenBank: 33357927 |
#58: RNA chain | Mass: 37848.555 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K-12 / References: GenBank: CP000948.1 |
+30S ribosomal protein ... , 23 types, 40 molecules ABCBACCCADCDAECEAFCFAGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMANCNAOCOAPAQCQAR...
+50S ribosomal protein ... , 30 types, 58 molecules BCDCBDDDBEDEBFBGDGBHDHBIDIBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDPBQDQBR...
-Non-polymers , 4 types, 2077 molecules
#60: Chemical | ChemComp-MG / #61: Chemical | ChemComp-CLM / | #62: Chemical | #63: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 6.5 / Details: PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.1158 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1158 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.194→100 Å / Num. all: 703312 / Num. obs: 708760 / % possible obs: 82.6 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 3I1M, 3I1N, 3I1O, 3I1P Resolution: 3.1942→82.146 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 3.62 / σ(F): 0.06 / Phase error: 25.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.104 Å2 / ksol: 0.226 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1942→82.146 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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