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- PDB-4abz: TetR(D) in Complex with Tigecycline and Magnesium, co-crystallized -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4abz
タイトルTetR(D) in Complex with Tigecycline and Magnesium, co-crystallized
要素Tetracycline repressor protein class D
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIGECYCLINE / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.886 Å
データ登録者Volkers, G. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: TetR(D) in Complex with Tigecycline and Magnesium
著者: Volkers, G. / Hinrichs, W.
履歴
登録2011年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / audit_author / audit_conform / chem_comp / citation / citation_author / database_PDB_matrix / diffrn / diffrn_source / entity / entity_poly / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.formula ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.title / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.details / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.gene_src_details / _entity_src_gen.host_org_details / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
解説: Model completeness
詳細: improved refinement of the model, completing crystallization conditions etc.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0076
ポリマ－23,2881
非ポリマー7185
水75742
1
AAA: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子

AAA: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,01312
ポリマ－46,5772
非ポリマー1,43710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.490, 68.490, 179.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class D


分子量: 23288.334 Da / 分子数: 1 / 変異: A2S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RA1 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / 詳細 (発現宿主): pWH1950 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACT4
#2: 化合物 ChemComp-T1C / TIGECYCLINE


分子量: 587.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41N5O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein: 10.0 mg/mL TetR(D), 0.2M NaCl, 50 mM Tris/HCl, pH 8.0, 2mM [TigeTC], 2mM MgCl2. Precipitant: 1M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.05M Tris/HCl, pH 8.0, 10mM MgCl2. Protein/precipitant 2+2 ...詳細: Protein: 10.0 mg/mL TetR(D), 0.2M NaCl, 50 mM Tris/HCl, pH 8.0, 2mM [TigeTC], 2mM MgCl2. Precipitant: 1M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.05M Tris/HCl, pH 8.0, 10mM MgCl2. Protein/precipitant 2+2 microL, against 0.5mL Precipitant.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 18428 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 14.15 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 33.95
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 14.19 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 1323 / Rrim(I) all: 1.9 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xpv

2xpv


解像度: 1.886→48.477 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.7 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 880 5.067 %
Rwork0.2131 --
all0.215 --
obs-17367 98.219 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.603 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.335 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.335 Å2-0 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.886→48.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 0 46 42 1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9821.682229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5391.6023522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6345197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.0821.38394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24315279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5411515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.20.21353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0930.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.249
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1930.232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2280.26
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.222.775788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2172.775787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.274.135985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2694.136986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5873.136853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5853.137853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.034.5971244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.034.5971244
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.63133.3641898
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.63133.3411894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.886-1.9350.506740.4821046X-RAY DIFFRACTION88.4676
1.935-1.9880.347620.3051167X-RAY DIFFRACTION98.8737
1.988-2.0460.29550.2581159X-RAY DIFFRACTION100
2.046-2.1090.358650.2731113X-RAY DIFFRACTION99.2418
2.109-2.1780.27660.241066X-RAY DIFFRACTION100
2.178-2.2540.425570.2861019X-RAY DIFFRACTION95.8148
2.254-2.3390.29590.253968X-RAY DIFFRACTION95.8022
2.339-2.4350.301470.221991X-RAY DIFFRACTION100
2.435-2.5430.24440.215956X-RAY DIFFRACTION99.7009
2.543-2.6660.295510.222894X-RAY DIFFRACTION99.4737
2.666-2.810.263420.249870X-RAY DIFFRACTION99.8905
2.81-2.9810.287500.235810X-RAY DIFFRACTION99.768
2.981-3.1860.318430.215775X-RAY DIFFRACTION99.3925
3.186-3.440.205340.2728X-RAY DIFFRACTION99.3481
3.44-3.7680.226300.186668X-RAY DIFFRACTION98.5876
3.768-4.2110.239270.17608X-RAY DIFFRACTION98.2972
4.211-4.8590.161260.155554X-RAY DIFFRACTION99.6564
4.859-5.9420.254200.196470X-RAY DIFFRACTION99.5935
5.942-8.3670.168160.176389X-RAY DIFFRACTION100
8.367-48.4770.164120.188236X-RAY DIFFRACTION97.6378
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1598-0.71171.90010.2808-0.3723.16030.00810.13230.15090.0367-0.0207-0.07150.19520.08340.01260.02740.0052-0.01960.1214-0.02040.125918.961728.340313.366
20.80340.42220.60120.22480.28981.74920.11290.05780.06350.06930.01270.0524-0.0527-0.0352-0.12560.12830.07460.01360.0501-0.02040.132424.869433.264339.8096
37.65492.14740.57171.3032-0.41010.52350.00690.5084-0.0945-0.1146-0.0238-0.08630.14380.1620.01690.14810.0281-0.03220.091-0.0280.082849.201720.036436.3489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA2 - 63
2X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA1212
3X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA64 - 152
4X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA182 - 208
5X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA1209 - 1210
6X-RAY DIFFRACTION3ALLAAA166 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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