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万見
- PDB-3zqk: Von Willebrand Factor A2 domain with calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zqk
タイトルVon Willebrand Factor A2 domain with calcium
要素VON WILLEBRAND FACTOR
キーワードBLOOD CLOTTING / ADAMTS-13 / FORCE SENSOR / VON WILLEBRAND DISEASE / VWA DOMAIN / HAEMOSTASIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / blood coagulation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / : / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / von Willebrand factor type C domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jakobi, A.J. / Huizinga, E.G.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2011
タイトル: Calcium Modulates Force Sensing by the Von Willebrand Factor A2 Domain.
著者: Jakobi, A.J. / Mashaghi, A. / Tans, S.J. / Huizinga, E.G.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VON WILLEBRAND FACTOR
B: VON WILLEBRAND FACTOR
C: VON WILLEBRAND FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,41514
ポリマ－65,7833
非ポリマー1,63211
水9,152508
1
A: VON WILLEBRAND FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5946
ポリマ－21,9281
非ポリマー6675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: VON WILLEBRAND FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4104
ポリマ－21,9281
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: VON WILLEBRAND FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4104
ポリマ－21,9281
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.020, 35.540, 88.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 VON WILLEBRAND FACTOR / VWF / VON WILLEBRAND ANTIGEN 2 / VON WILLEBRAND ANTIGEN II


分子量: 21927.689 Da / 分子数: 3 / 断片: A2 DOMAIN, RESIDUES 1478-1674 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-EBNA1-S / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P04275
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PROTEIN BUFFER: 0.015 M HEPES PH 7.5, 0.02 M NACL, 0.001 M CACL2. RESERVOIR BUFFER: 0.1 M MMT (PH 4.0-5.5), 0.15 M (NH4)2SO4, 18-23% (W/V) PEG2000 MME.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30.8 Å / Num. obs: 51448 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GXB, PDB ENTRY 1ATZ

3gxb

1atz


解像度: 1.7→29.306 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1996 2612 5.1 %
Rwork0.1549 --
obs0.1569 51446 95.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.677 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7801 Å20 Å2-0.827 Å2
2---0.1568 Å20 Å2
3----1.6234 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4224 0 99 508 4831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3966388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0121799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73090.27331310.21152485X-RAY DIFFRACTION95
1.7309-1.76420.26561330.20052471X-RAY DIFFRACTION92
1.7642-1.80020.26531210.18562518X-RAY DIFFRACTION95
1.8002-1.83930.22381280.16652506X-RAY DIFFRACTION94
1.8393-1.88210.21161300.15432517X-RAY DIFFRACTION93
1.8821-1.92920.19241460.15162538X-RAY DIFFRACTION96
1.9292-1.98130.1931300.14842496X-RAY DIFFRACTION93
1.9813-2.03960.18521270.14662564X-RAY DIFFRACTION96
2.0396-2.10540.22061380.14472543X-RAY DIFFRACTION94
2.1054-2.18070.19861310.13792558X-RAY DIFFRACTION96
2.1807-2.26790.2011410.14452550X-RAY DIFFRACTION95
2.2679-2.37110.18161290.14122603X-RAY DIFFRACTION95
2.3711-2.49610.20351460.14982565X-RAY DIFFRACTION97
2.4961-2.65240.20191370.14482590X-RAY DIFFRACTION97
2.6524-2.8570.19131350.14972617X-RAY DIFFRACTION97
2.857-3.14420.19651570.14452612X-RAY DIFFRACTION97
3.1442-3.59850.19081680.13982604X-RAY DIFFRACTION97
3.5985-4.5310.16261470.1272691X-RAY DIFFRACTION98
4.531-29.31070.17951370.16922806X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21950.0306-0.00970.07860.02770.3467-0.01070.02450.03990.04190.02260.0525-0.0161-0.0423-0.0010.01360.00240.0054-0.003-0.00120.013323.94880.991231.6711
20.22780.1313-0.03470.1572-0.08660.36090.0294-0.0160.02440.03020.01930.0056-0.0853-0.0023-0.02030.02840.0035-0.00210.0028-0.00480.005725.5694-2.3821-2.3158
30.53720.0910.40350.23470.12490.5580.0408-0.00250.02020.17170.04350.00710.10690.15-0.0499-0.03190.0195-0.05080.0247-0.00780.0057-10.7792-13.386126.8696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1494:1674
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 1494:1671
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESID 1494:1671

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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