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- PDB-5ypw: Crystal structure of IlvN.Val-1b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ypw
タイトルCrystal structure of IlvN.Val-1b
要素Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
キーワードTRANSFERASE / Transferase subunit / Regulatory subunit / ACT protein / amino acid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase regulator activity / acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, small subunit / AHAS, ACT domain / AHAS small subunit-like ACT domain / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VALINE / Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sarma, S.P. / Bansal, A. / Schindelin, H. / Demeler, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
DSTO1544 インド
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Crystallographic Structures of IlvN·Val/Ile Complexes: Conformational Selectivity for Feedback Inhibition of Aceto Hydroxy Acid Synthases.
著者: Bansal, A. / Karanth, N.M. / Demeler, B. / Schindelin, H. / Sarma, S.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: The coil-to-helix transition in IlvN regulates the allosteric control of Escherichia coli acetohydroxyacid synthase I.
著者: Karanth, N.M. / Sarma, S.P.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Escherichia coli ilvN interacts with the FAD binding domain of ilvB and activates the AHAS I enzyme.
著者: Mitra, A. / Sarma, S.P.
履歴
登録2017年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
C: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
D: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
E: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
F: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
G: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
H: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,04016
ポリマ－90,1038
非ポリマー9378
水1,49583
1
A: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7604
ポリマ－22,5262
非ポリマー2342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
2
C: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
D: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7604
ポリマ－22,5262
非ポリマー2342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
3
E: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
F: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7604
ポリマ－22,5262
非ポリマー2342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9060 Å2
手法PISA
4
G: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
H: Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7604
ポリマ－22,5262
非ポリマー2342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.040, 74.670, 88.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 9 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 9 and (name N or name...
31(chain C and (resid 9 through 19 or (resid 20...
41(chain D and (resid 9 through 19 or (resid 20...
51(chain E and ((resid 9 and (name N or name...
61(chain F and (resid 9 through 19 or (resid 20...
71(chain G and (resid 9 through 19 or (resid 20...
81(chain H and ((resid 9 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASP(chain A and ((resid 9 and (name N or name...AA99
12ASPASPGLNGLN(chain A and ((resid 9 and (name N or name...AA9 - 989 - 98
13ASPASPGLNGLN(chain A and ((resid 9 and (name N or name...AA9 - 989 - 98
14ASPASPGLNGLN(chain A and ((resid 9 and (name N or name...AA9 - 989 - 98
15ASPASPGLNGLN(chain A and ((resid 9 and (name N or name...AA9 - 989 - 98
21ASPASPASPASP(chain B and ((resid 9 and (name N or name...BB99
22ASPASPGLNGLN(chain B and ((resid 9 and (name N or name...BB9 - 989 - 98
23ASPASPGLNGLN(chain B and ((resid 9 and (name N or name...BB9 - 989 - 98
24ASPASPGLNGLN(chain B and ((resid 9 and (name N or name...BB9 - 989 - 98
25ASPASPGLNGLN(chain B and ((resid 9 and (name N or name...BB9 - 989 - 98
31ASPASPASNASN(chain C and (resid 9 through 19 or (resid 20...CC9 - 199 - 19
32HISHISHISHIS(chain C and (resid 9 through 19 or (resid 20...CC2020
33ASPASPGLNGLN(chain C and (resid 9 through 19 or (resid 20...CC9 - 989 - 98
34ASPASPGLNGLN(chain C and (resid 9 through 19 or (resid 20...CC9 - 989 - 98
35ASPASPGLNGLN(chain C and (resid 9 through 19 or (resid 20...CC9 - 989 - 98
36ASPASPGLNGLN(chain C and (resid 9 through 19 or (resid 20...CC9 - 989 - 98
41ASPASPASNASN(chain D and (resid 9 through 19 or (resid 20...DD9 - 199 - 19
42HISHISHISHIS(chain D and (resid 9 through 19 or (resid 20...DD2020
43ASPASPGLNGLN(chain D and (resid 9 through 19 or (resid 20...DD9 - 989 - 98
44ASPASPGLNGLN(chain D and (resid 9 through 19 or (resid 20...DD9 - 989 - 98
45ASPASPGLNGLN(chain D and (resid 9 through 19 or (resid 20...DD9 - 989 - 98
51ASPASPASPASP(chain E and ((resid 9 and (name N or name...EE99
52ASPASPGLNGLN(chain E and ((resid 9 and (name N or name...EE9 - 989 - 98
53ASPASPGLNGLN(chain E and ((resid 9 and (name N or name...EE9 - 989 - 98
54ASPASPGLNGLN(chain E and ((resid 9 and (name N or name...EE9 - 989 - 98
55ASPASPGLNGLN(chain E and ((resid 9 and (name N or name...EE9 - 989 - 98
61ASPASPASNASN(chain F and (resid 9 through 19 or (resid 20...FF9 - 199 - 19
62HISHISHISHIS(chain F and (resid 9 through 19 or (resid 20...FF2020
63HISHISGLNGLN(chain F and (resid 9 through 19 or (resid 20...FF8 - 988 - 98
71ASPASPASNASN(chain G and (resid 9 through 19 or (resid 20...GG9 - 199 - 19
72HISHISHISHIS(chain G and (resid 9 through 19 or (resid 20...GG2020
73ASPASPGLNGLN(chain G and (resid 9 through 19 or (resid 20...GG9 - 989 - 98
81ASPASPASPASP(chain H and ((resid 9 and (name N or name...HH99
82ASPASPGLNGLN(chain H and ((resid 9 and (name N or name...HH9 - 989 - 98
83ASPASPGLNGLN(chain H and ((resid 9 and (name N or name...HH9 - 989 - 98
84ASPASPGLNGLN(chain H and ((resid 9 and (name N or name...HH9 - 989 - 98
85ASPASPGLNGLN(chain H and ((resid 9 and (name N or name...HH9 - 989 - 98

-
要素

#1: タンパク質
Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit / Acetohydroxy-acid synthase I small subunit / ALS-I


分子量: 11262.869 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ilvN, Z5164, ECs4611 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADG0, acetolactate synthase
#2: 化合物
ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 288 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH5.6, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.2 Å / Num. obs: 36346 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Num. unique obs: 3568 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.6 / Rrim(I) all: 0.876 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(v1.13_2998)精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LVW

2lvw


解像度: 2.3→47.791 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 1769 4.87 %
Rwork0.1829 --
obs0.1853 36297 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5669 0 64 83 5816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3043709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081028
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
12B0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
13C0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
14D0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
15E0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
16F0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
17G0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
18H0X-RAY DIFFRACTION0TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.36230.34021560.26082629X-RAY DIFFRACTION100
2.3623-2.43180.29931170.24422675X-RAY DIFFRACTION100
2.4318-2.51030.31881190.23962661X-RAY DIFFRACTION100
2.5103-2.60.26411230.22242625X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70410.2621360.21052659X-RAY DIFFRACTION100
2.7041-2.82710.29861310.2252636X-RAY DIFFRACTION100
2.8271-2.97610.27491540.21232647X-RAY DIFFRACTION100
2.9761-3.16260.26261300.19582642X-RAY DIFFRACTION100
3.1626-3.40670.2331430.18752649X-RAY DIFFRACTION100
3.4067-3.74940.21811400.16492655X-RAY DIFFRACTION100
3.7494-4.29160.21481270.15532663X-RAY DIFFRACTION100
4.2916-5.40580.17721420.14222669X-RAY DIFFRACTION100
5.4058-47.80090.18651510.15852718X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8112-0.7931-1.30734.695-0.71552.49460.1764-0.12350.6002-0.0010.05810.668-0.2596-0.2664-0.1570.1921-0.00750.0270.1465-0.01410.4561-27.085420.7063-39.4519
24.5284-0.50990.21593.1998-0.68593.35430.0806-0.477-0.2364-0.0026-0.1363-0.12650.14490.12530.0680.1569-0.02410.01610.18290.01120.4695-16.35618.1977-37.5853
35.20880.7279-0.91494.6152.00394.56420.0244-0.10250.93570.02920.066-0.1867-0.33160.0851-0.09770.1591-0.0244-0.00150.25-0.05730.618913.30813.9804-32.5486
45.0918-0.0736-1.1464.2926-0.48544.7822-0.2566-0.0905-0.59650.26020.34090.44170.4229-0.1645-0.02280.24490.0145-0.00380.2209-0.00870.66875.6075-9.7539-30.2808
52.51560.1437-0.48735.0620.05482.6943-0.00990.13290.0011-0.14150.0231-0.2035-0.15360.0764-0.0060.1216-0.0055-0.0120.12930.00420.3509-23.585622.8434-5.8216
63.82820.00781.21993.89260.14783.3693-0.05920.053-0.1078-0.0030.05250.22430.1743-0.330.01520.1357-0.0253-0.00110.0820.0140.2508-34.141110.0479-5.165
75.17110.21721.40844.30542.36045.0325-0.00030.3406-0.33320.08960.1199-0.15810.34990.3644-0.10960.16360.03950.0120.2549-0.01520.56436.00926.558-10.748
85.12950.28960.48783.80060.40094.7836-0.20160.40360.6909-0.39690.24810.3252-0.5379-0.0816-0.01230.2817-0.0414-0.05060.25140.03710.7333-1.611940.5372-13.6509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 9:98)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 9:98)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 10:98)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 10:98)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 9:98)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 9:98)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq 10:98)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 9:98)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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