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- PDB-5ni0: VIM-2_10c. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Repl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ni0
タイトルVIM-2_10c. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Replacement: Preparation, Activity and Binding
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE / inhibition properties / bioisosters / thiols / metallo-beta-lactamase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8XW / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.673 Å
データ登録者Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Samuelsen, O. / Muhammad, Z. / Leiros, H.-K.S. / Bayer, A.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Metallo-beta-lactamase inhibitors by bioisosteric replacement: Preparation, activity and binding.
著者: Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Muhammad, Z. / Lauksund, S. / Leiros, H.S. / Bayer, A.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
E: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6008
ポリマ－56,7062
非ポリマー8946
水8,251458
1
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8004
ポリマ－28,3531
非ポリマー4473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8004
ポリマ－28,3531
非ポリマー4473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.716, 91.070, 122.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / ...BlaVIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 28352.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8XW / [(2~{R})-1-ethanoylsulfanyl-6-phenyl-hexan-2-yl]phosphonic acid


分子量: 316.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21O4PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.2 M Magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→25 Å / Num. obs: 56573 / % possible obs: 94.12 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 20.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MM9

5mm9


解像度: 1.673→24.77 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 2780 4.92 %
Rwork0.1778 --
obs0.1797 56544 94.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.673→24.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3457 0 44 458 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3234956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9511293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007651
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6732-1.70210.3381060.31852470X-RAY DIFFRACTION86
1.7021-1.7330.33521570.29892729X-RAY DIFFRACTION98
1.733-1.76640.28671220.28662762X-RAY DIFFRACTION97
1.7664-1.80240.31971480.27752746X-RAY DIFFRACTION98
1.8024-1.84160.28081350.24492685X-RAY DIFFRACTION95
1.8416-1.88440.26671480.23482731X-RAY DIFFRACTION97
1.8844-1.93150.26191320.23752690X-RAY DIFFRACTION95
1.9315-1.98370.26371460.20532707X-RAY DIFFRACTION95
1.9837-2.04210.22491450.19492676X-RAY DIFFRACTION96
2.0421-2.10790.22131180.19032696X-RAY DIFFRACTION95
2.1079-2.18320.22521500.1762665X-RAY DIFFRACTION93
2.1832-2.27060.23571270.18152694X-RAY DIFFRACTION95
2.2706-2.37380.25031450.17462677X-RAY DIFFRACTION95
2.3738-2.49890.21541420.17052693X-RAY DIFFRACTION95
2.4989-2.65530.20871310.16242707X-RAY DIFFRACTION94
2.6553-2.860.19631380.16712671X-RAY DIFFRACTION92
2.86-3.14730.17141610.16332684X-RAY DIFFRACTION95
3.1473-3.60160.22421570.15142680X-RAY DIFFRACTION93
3.6016-4.5330.1621410.13242658X-RAY DIFFRACTION90
4.533-24.77290.17461310.16442743X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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