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- PDB-4pvt: Crystal Structure of VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pvt
タイトルCrystal Structure of VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with ML302F
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-beta/beta-alpha / beta-lactamase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-S3C / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Aik, W.S. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2014
タイトル: Rhodanine hydrolysis leads to potent thioenolate mediated metallo-beta-lactamase inhibition.
著者: Brem, J. / van Berkel, S.S. / Aik, W. / Rydzik, A.M. / Avison, M.B. / Pettinati, I. / Umland, K.D. / Kawamura, A. / Spencer, J. / Claridge, T.D. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2014年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,62315
ポリマ－51,3872
非ポリマー1,23613
水6,233346
1
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2657
ポリマ－25,6931
非ポリマー5726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3578
ポリマ－25,6931
非ポリマー6647
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.391, 78.909, 67.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / Class B beta-lactamase / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase ...Class B beta-lactamase / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 protein / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM-2, blaVIM2, VIM-2 / プラスミド: pOPIN-F VIM-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K2N0

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非ポリマー , 5種, 359分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-S3C / (2Z)-2-sulfanyl-3-(2,3,6-trichlorophenyl)prop-2-enoic acid / (Z)-2-メルカプト-3-(2,3,6-トリクロロフェニル)アクリル酸


分子量: 283.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5Cl3O2S
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.41 % / Mosaicity: 0.753 ° / Mosaicity esd: 0.01 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1mM TCEP, 1mM ML302F, 50mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1M magnesium formate, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月1日 / 詳細: Osmic HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 27747 / Num. obs: 27185 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Χ2: 1.337 / Net I/σ(I): 6.848
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.073.40.5212.526611.40496.4
2.07-2.153.60.4283.126721.32996.9
2.15-2.253.60.4373.127001.41596.9
2.25-2.373.60.3893.526721.41297.6
2.37-2.523.60.3423.827171.37797.8
2.52-2.713.60.2924.527111.44998.2
2.71-2.993.50.245.127231.38498.4
2.99-3.423.70.1448.327541.28699
3.42-4.313.70.10710.327801.15699.5
4.31-503.60.09510.827951.19198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å24.93 Å
Translation2 Å24.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4-1496)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
GDAデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PVO

4pvo


解像度: 2→24.93 Å / Isotropic thermal model: isotropic
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 2010 7.4 %random
Rwork0.1658 ---
all-27185 --
obs-27168 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 62.9 Å2 / Biso mean: 21.7411 Å2 / Biso min: 6.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3445 0 54 346 3845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0018-2.05180.25811340.2156X-RAY DIFFRACTION189294.7
4.8138-24.92810.22751510.1733X-RAY DIFFRACTION202599.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2392-1.5468-2.7932.61381.19724.3833-0.4681-1.1181-0.86650.70330.40790.51480.54920.15860.0930.24880.053-0.01620.31540.11950.3964-14.78740.674868.2778
23.570.7141-5.10362.0214-0.52947.40680.0109-0.0945-0.41230.101-0.0824-0.07090.1920.29410.12370.2160.007-0.04820.12590.01250.1995-13.01734.746762.3015
31.930.22670.43691.73960.65091.67070.0027-0.02820.0637-0.06810.0126-0.0747-0.08350.0458-0.0160.1048-0.0140.02570.09930.0040.1014-16.797213.937153.677
43.3221-2.82331.72544.4093-1.23560.9153-0.1026-0.33-0.41770.45820.28050.4022-0.0364-0.4868-0.08690.15690.0140.02980.230.02870.1966-27.8353-1.117253.2336
52.9165-0.05550.09141.05970.22121.72270.04080.2786-0.1438-0.1663-0.0262-0.18320.07760.17840.03520.2162-0.01540.02390.1603-0.01110.1716-18.21620.14245.1348
65.75770.69950.26192.44150.03021.9724-0.08040.0971-0.28780.0085-0.03690.07810.2519-0.16470.07720.184-0.00160.0050.1093-0.01910.1324-26.8229-6.321646.6707
72.8847-0.0872-1.26572.14330.74627.0806-0.2496-0.1380.66160.0870.025-0.3562-0.68110.91860.13060.2305-0.058-0.06280.22330.02710.3678-27.9592-7.234581.0862
81.4332-0.46170.31381.9436-0.42931.3388-0.01420.02180.00710.0374-0.0069-0.0492-0.00050.05360.02020.0949-0.00080.00760.11820.00540.0888-39.6991-15.056477.3914
96.9144-0.88023.3814.6812-2.36312.7147-0.29250.24710.08660.0664-0.1602-0.1416-0.17370.16840.46560.08120.01430.00160.08820.02280.186-46.79771.362669.1523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 30:42 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 43:63 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 64:222 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 223:238 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 239:279 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 280:296 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 30:63 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 64:279 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 280:296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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