PDB-3ukw: Mouse importin alpha: Bimax1 peptide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ukw

タイトル

Mouse importin alpha: Bimax1 peptide complex

要素

Bimax1 peptide
Importin subunit alpha-2

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/INHIBITOR / Arm repeat / Armadillo repeat / nuclear transport / nuclear localisation signal binding / importin beta binding / PROTEIN TRANSPORT-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Marfori, M. / Forwood, J.K. / Lonhienne, T.G. / Kobe, B.

引用

ジャーナル: Traffic / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of High-Affinity Nuclear Localization Signal Interactions with Importin-alpha
著者: Marfori, M. / Lonhienne, T.G. / Forwood, J.K. / Kobe, B.

履歴

登録	2011年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ukw.cif.gz	191.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ukw.ent.gz	150.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ukw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ukw_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ukw_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	3ukw_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	3ukw_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ukxC 3ukyC 3ukzC 3ul0C 3ul1C 1pjnS 1ial C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4u5v-d 5klt-d 3ul1-d 5ekf-d 5v5o-d 7jk7-d 1pjm-d 5fc8-d 5w4f-d 3q5u-d 1pjn-d 5huw-d 7jvo-d 5wum-d 6iua-d 6iu7-d 1ejl-d 1ial-d 5w4e-d 4u5o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (11) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Importin subunit alpha-2

C: Bimax1 peptide

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.561, 89.493, 99.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha 分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド	Bimax1 peptide 分子量: 3698.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Designed peptide inhibitor
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.8M sodium citrate, 10mM DTT, 0.1M BisTris, 10% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953693 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→43.6 Å / Num. obs: 41865 / % possible obs: 76.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJN

1pjn

解像度: 2.1→42.151 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / σ(I): 4.3 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1996	2056	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1765	-	-	-
obs	0.1777	40755	97.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.374 Å² / k_sol: 0.392 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.67 Å² / B_iso mean: 28.8024 Å² / B_iso min: 6.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3893 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.0938 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.483 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.151 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3451	0	14	276	3741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3529
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.789	4803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	614
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.436	1322

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1489	0.2457	134	0.2069	2460	2594	95
2.1489-2.2026	0.2461	120	0.1994	2496	2616	95
2.2026-2.2621	0.2499	132	0.2241	2415	2547	93
2.2621-2.3287	0.2501	114	0.1886	2447	2561	93
2.3287-2.4039	0.2229	145	0.1698	2516	2661	97
2.4039-2.4898	0.1974	133	0.162	2569	2702	98
2.4898-2.5894	0.1942	135	0.1676	2584	2719	98
2.5894-2.7073	0.2007	137	0.1686	2585	2722	98
2.7073-2.85	0.1755	153	0.1652	2534	2687	98
2.85-3.0285	0.1956	121	0.1662	2649	2770	99
3.0285-3.2622	0.2053	145	0.1718	2616	2761	99
3.2622-3.5904	0.1954	138	0.1703	2661	2799	100
3.5904-4.1095	0.1866	152	0.1608	2657	2809	100
4.1095-5.1761	0.1693	151	0.1663	2691	2842	100
5.1761-42.1599	0.2038	146	0.2041	2819	2965	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0295	0.0036	0.0061	0.0039	0.005	0.0067	-0.0069	0.0072	-0.0178	0.0012	-0.0046	-0.0299	0.0147	0.0231	0.0052	0.3742	0.0629	-0.0396	0.1845	0.0316	0.3819	1.9257	-16.7541	15.3629
2	0.1007	-0.0433	-0.0053	0.2292	0.0788	0.1045	0.05	-0.016	-0.0735	-0.0932	0.0015	0.0145	0.0525	-0.0892	0.0852	0.158	0.0289	-0.0636	0.1033	0.037	0.1306	-5.591	-13.974	18.7775
3	0.0032	0.005	0.0022	0.1229	0.0453	0.0171	0.0224	0.0994	-0.0375	-0.162	0.012	-0.0169	0.0942	0.1931	0.0005	0.2983	0.0817	0.0031	0.232	-0.0001	0.1115	-4.0708	-8.8729	4.7939
4	0.1086	0.0728	0.023	0.1275	0.0079	0.0147	0.1247	-0.0508	0.0209	0.0619	0.0229	0.0674	0.0683	-0.0392	0.0594	0.0843	-0.0089	-0.0654	0.0619	0.0288	0.0301	-8.4541	4.1013	17.1392
5	0.5186	-0.1027	-0.1836	0.4201	-0.019	0.0719	0.0094	0.0719	0.1217	0.1052	-0.0137	-0.0529	0.0194	-0.0146	0.0118	0.0928	-0.0105	-0.022	0.0782	0.003	0.1281	-1.6464	17.7296	14.6536
6	0.1785	0.0362	-0.0627	0.1296	-0.0007	0.0585	0.0478	0.0653	0.0881	0.0572	-0.0103	0.0583	-0.0123	-0.0279	-0.0351	0.1008	0.0011	0.0161	0.0964	0.0036	0.1523	3.093	26.3919	9.344
7	0.2035	0.0392	-0.0821	0.0586	-0.0185	0.0658	0.0272	0.2048	0.1679	0.0139	0.0891	0.1304	-0.0156	-0.095	-0.0253	0.0784	0.0066	0.0396	0.0906	0.0898	0.161	8.1319	35.822	-8.084
8	0.1739	0.0541	-0.0284	0.0241	0.0172	0.1073	0.0211	0.1128	0.0584	-0.0442	0.0817	0.0895	0.0624	-0.2015	0.0361	0.1748	-0.0199	-0.0877	0.3477	0.1787	0.1624	8.0351	37.2319	-24.2293
9	0.0052	-0.0266	0.0516	0.1926	-0.2582	0.4811	0.0167	0.18	0.0719	-0.1623	0.0671	0.0235	0.2216	0.0366	0.0311	0.4549	0.0501	0.0562	0.7346	0.2274	0.2953	12.5875	43.6228	-31.7785
10	0.022	0.0109	0.0189	0.0108	0.0125	0.0168	-0.0342	0.0378	0.0336	-0.0724	-0.0515	0.0239	0.0198	-0.0933	-0.0522	0.5129	-0.0572	-0.2472	0.8104	0.0991	0.269	0.6696	35.7219	-35.4875
11	0.0881	-0.0257	0.0109	0.0159	-0.0026	0.0019	0.0203	0.0396	0.0205	-0.02	0.0568	0.0699	0.0137	-0.0541	-0.0368	0.2081	-0.0149	0.0126	0.2743	0.1467	0.316	-2.6435	33.2078	-10.4615
12	0.0807	0.0435	-0.0162	0.0316	0.008	0.0732	0.0295	0.0602	-0.0167	-0.0242	0.0119	0.0162	0.0026	0.0048	-0.0193	0.1468	-0.0218	0.024	0.1625	0.0018	0.1708	2.397	16.1708	-2.6362
13	0.5552	-0.0434	0.3786	0.2804	0.2076	0.5008	-0.0409	-0.0575	-0.0424	-0.0269	-0.0481	-0.0702	-0.0222	0.1349	0.0601	0.0965	0.0059	-0.0187	0.1464	0.038	0.1459	2.5838	2.9174	9.4872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 72:76)	B	72 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 77:105)	B	77 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 106:117)	B	106 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 118:213)	B	118 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 214:249)	B	214 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 250:314)	B	250 - 314
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 315:414)	B	315 - 414
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 415:452)	B	415 - 452
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 453:473)	B	453 - 473
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 474:497)	B	474 - 497
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 5:10)	C	5 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 11:19)	C	11 - 19
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 20:26)	C	20 - 26

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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