PDB-3tzc: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tzc

タイトル

Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG)(Y155F) from Vibrio cholerae

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Vibrio cholerae / 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / FabG / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Grabowski, M. / Domagalski, M. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.

履歴

登録	2011年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tzc.cif.gz	322.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tzc.ent.gz	260.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tzc_validation.pdf.gz	799.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tzc_full_validation.pdf.gz	807.4 KB	表示
XML形式データ	3tzc_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	3tzc_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3op4C 3rroC 3rshC 3tzkC 3u09C 4i08C 4wjzC 4wk6C 5endC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oif-d 4oyr-d 3gaf-1 3pvt-d 6pgl-d 3pvr-d 5fff-1 2x2i-3 3gr6-d 2xau-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90557

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.353, 62.353, 383.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase 分子量: 26342.113 Da / 分子数: 4 / 変異: Y155F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: MJ-1236 / 遺伝子: VC2021, VCD_002346 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: C3NP04, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 2.3M Ammonium Sulfate, pH 8.5, vapor diffusion

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.3 % / Av σ(I) over netI: 15.44 / 数: 100742 / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.61 / D res high: 2.45 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30294 / % possible obs: 98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.65	50	95.2	1	0.056	3.486	3.3
5.28	6.65	97.6	1	0.066	2.561	3.6
4.61	5.28	97.6	1	0.064	2.533	3.1
4.19	4.61	94.6	1	0.065	2.636	2.8
3.89	4.19	96.5	1	0.075	2.316	3
3.66	3.89	95.8	1	0.086	2.293	3
3.48	3.66	96.5	1	0.096	2.237	3
3.32	3.48	96.2	1	0.118	1.966	3.2
3.2	3.32	98.5	1	0.145	1.63	3.5
3.09	3.2	99.5	1	0.18	1.519	3.6
2.99	3.09	99.1	1	0.196	1.435	3.6
2.9	2.99	98.7	1	0.214	1.353	3.6
2.83	2.9	99.6	1	0.273	1.131	3.7
2.76	2.83	99.9	1	0.287	1.063	3.7
2.7	2.76	99.9	1	0.329	0.987	3.8
2.64	2.7	99.9	1	0.382	0.868	3.7
2.59	2.64	100	1	0.418	0.782	3.6
2.54	2.59	99.9	1	0.422	0.712	3.3
2.49	2.54	99.9	1	0.451	0.706	3
2.45	2.49	99.9	1	0.435	0.676	2.5

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.709
1	1	K, H, -L	2	0.291

反射

解像度: 2.45→50.01 Å / Num. obs: 30294 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.605 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.45-2.49	2.5	0.435	1607	0.676	1	99.9
2.49-2.54	3	0.451	1476	0.706	1	99.9
2.54-2.59	3.3	0.422	1555	0.712	1	99.9
2.59-2.64	3.6	0.418	1514	0.782	1	100
2.64-2.7	3.7	0.382	1566	0.868	1	99.9
2.7-2.76	3.8	0.329	1512	0.987	1	99.9
2.76-2.83	3.7	0.287	1565	1.063	1	99.9
2.83-2.9	3.7	0.273	1470	1.131	1	99.6
2.9-2.99	3.6	0.214	1564	1.353	1	98.7
2.99-3.09	3.6	0.196	1509	1.435	1	99.1
3.09-3.2	3.6	0.18	1500	1.519	1	99.5
3.2-3.32	3.5	0.145	1523	1.63	1	98.5
3.32-3.48	3.2	0.118	1516	1.966	1	96.2
3.48-3.66	3	0.096	1483	2.237	1	96.5
3.66-3.89	3	0.086	1477	2.293	1	95.8
3.89-4.19	3	0.075	1469	2.316	1	96.5
4.19-4.61	2.8	0.065	1436	2.636	1	94.6
4.61-5.28	3.1	0.064	1523	2.533	1	97.6
5.28-6.65	3.6	0.066	1512	2.561	1	97.6
6.65-50	3.3	0.056	1517	3.486	1	95.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 10.904 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2272	1524	5 %	RANDOM
R_work	0.1882	-	-	-
obs	0.1902	30184	98.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.43 Å² / B_iso mean: 40.3658 Å² / B_iso min: 18.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-19.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	38.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6287	0	77	162	6526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.975	8757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.216	3	10256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.869	5	881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.941	24.071	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.333	15	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.309	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1253

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	89	-
R_work	0.274	2152	-
all	-	2241	-
obs	-	-	97.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.273 Å / Origin y: 3.229 Å / Origin z: 0.935 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.114 Å²	-0.0261 Å²	0.0115 Å²	-	0.1155 Å²	-0.0019 Å²	-	-	0.004 Å²
L	0.3237 °²	-0.1367 °²	-0.0387 °²	-	0.1052 °²	0.007 °²	-	-	0.088 °²
S	0.0027 Å °	0.0066 Å °	-0.0117 Å °	-0.0018 Å °	0.0061 Å °	0.0131 Å °	-0.0048 Å °	-0.0373 Å °	-0.0088 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	2 - 246
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 246

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関連情報:EMDBヘッダ

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