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Yorodumi- PDB-4i08: Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i08 | ||||||
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Title | Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG) from Vibrio cholerae in complex with NADPH | ||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / Vibrio cholerae / FabG / Rossmann fold / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / short chain dehydrogenase / NADP(H) | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae O1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.063 Å | ||||||
Authors | Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Osinski, T. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2015 Title: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae. Authors: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i08.cif.gz | 196.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i08.ent.gz | 157 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i08.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/4i08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/4i08 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3op4C 3rroSC 3rshC 3tzcC 3tzkC 3u09C 4wjzC 4wk6C 5endC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 2 - 248 / Label seq-ID: 5 - 251
|
-Components
#1: Protein | Mass: 26358.113 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 (bacteria) / Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: fabG, VC2021, VC_2021 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL References: UniProt: Q9KQH7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 9 Details: 2.7M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris-HCl, 2% PEG400, pH 9, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2011 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.6 % / Av σ(I) over netI: 26.95 / Number: 151910 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 3.18 / D res high: 2.06 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27006 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.06→50 Å / Num. obs: 27006 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 3.18 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3RRO Resolution: 2.063→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.07 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.029 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.98 Å2 / Biso mean: 38.6873 Å2 / Biso min: 16.98 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.063→47.86 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 14329 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.063→2.117 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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