[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3emk: 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from bruc... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3emk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from brucella melitensis | ||||||
![]() | GLUCOSE/RIBITOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / BRUCELLA / MELITENSIS / GLUCOSE / RIBITOL / DEHYDROGENASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID | ||||||
Function / homology | ![]() 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 2.5A crystal structure of glucose/ribitol dehydrogenase from brucella melitensis Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 143.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 468.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 49.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 26074.951 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.43 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 20% PEG 3350, 0.15M DL MALIC ACID, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2008 / Details: MULTI-LAYER OPTICS MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 31770 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 8.978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 37 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.237 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
|