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Yorodumi- PDB-6ci9: RMM microcompartment-associated aminopropanol dehydrogenase NADP ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ci9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | RMM microcompartment-associated aminopropanol dehydrogenase NADP + aminoacetone holo-structure | ||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
| Function / homology | Function and homology information3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018Title: Structure and Kinetics of the S-(+)-1-Amino-2-propanol Dehydrogenase from the RMM Microcompartment of Mycobacterium smegmatis. Authors: Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ci9.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ci9.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ci9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6ci9_validation.pdf.gz | 9.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6ci9_full_validation.pdf.gz | 10 MB | Display | |
| Data in XML | 6ci9_validation.xml.gz | 180.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6ci9_validation.cif.gz | 241.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6ci9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6ci9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6ci8C ![]() 3rihS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 16 molecules ABCDEFGHIJKLMNOP
| #1: Protein | Mass: 26791.045 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (bacteria)Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: MSMEG_0269 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() References: UniProt: A0QP46, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 2555 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-NAP / #3: Chemical | ChemComp-F3V / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.31 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris, 0.2 M MgCl2, 13% PEG4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 19, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.54→48.495 Å / Num. obs: 561674 / % possible obs: 82.2 % / Redundancy: 3.288 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 5.88 / Num. measured all: 1847055 / Scaling rejects: 837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: pdbid 3RIH Resolution: 1.9→48.495 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.18 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 140.93 Å2 / Biso mean: 40.8965 Å2 / Biso min: 10.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→48.495 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Mycobacterium smegmatis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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