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Yorodumi- PDB-4cqm: Crystal structure of heterotetrameric human ketoacyl reductase co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cqm | ||||||
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Title | Crystal structure of heterotetrameric human ketoacyl reductase complexed with NAD and NADP | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / KAR / KETOACYL REDUCTASE / 3-KETOACYL-ACP REDUCTASE / KE6 / HSD8 / 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / HSD17B8 / 3R-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE / CBR4 / CARBOBYL REDUCTASE TYPE4 / NAD / NADH / NADP / NADPH / HETERO TETRAMER | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADPH dehydrogenase (quinone) / (3R)-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / : / estrogen biosynthetic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / oxidoreductase complex / Fatty acyl-CoA biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / NADH binding ...NADPH dehydrogenase (quinone) / (3R)-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / : / estrogen biosynthetic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / oxidoreductase complex / Fatty acyl-CoA biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / NADH binding / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / mitochondrial envelope / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / protein heterotetramerization / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / androgen metabolic process / quinone binding / NADPH binding / fatty acid biosynthetic process / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / OTHER / Resolution: 2.339 Å | ||||||
Authors | Venkatesan, R. / SahTeli, S.K. / Awoniyi, L.O. / Jiang, G. / Prus, P. / Kastoniotis, A.J. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. / Chen, Z. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Commun. / Year: 2014 Title: Insights Into Mitochondrial Fatty Acid Synthesis from the Structure of Heterotetrameric 3-Ketoacyl-Acp Reductase/3R-Hydroxyacyl-Coa Dehydrogenase. Authors: Venkatesan, R. / Sah-Teli, S.K. / Awoniyi, L.O. / Jiang, G. / Prus, P. / Kastaniotis, A.J. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. / Chen, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cqm.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cqm.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cqm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cqm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-ESTRADIOL 17-BETA-DEHYDROGENASE ... , 2 types, 8 molecules AEHILMPD
#1: Protein | Mass: 26999.738 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PLR631 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): PLYSS RARE References: UniProt: Q92506, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #3: Protein | | Mass: 27041.773 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PLR631 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): PLYSS RARE References: UniProt: Q92506, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) ...References: UniProt: Q92506, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase |
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-Protein , 1 types, 8 molecules BCFGJKNO
#2: Protein | Mass: 26298.506 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PLR631 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): PLYSS RARE References: UniProt: Q8N4T8, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase |
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-Non-polymers , 5 types, 837 molecules
#4: Chemical | ChemComp-NAP / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | N-TERMINAL HIS TAG |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 40 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 5 Details: 18% PEG3350, 0.4 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Sep 20, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: L,-K,H / Fraction: 0.12 |
Reflection | Resolution: 2.34→49.25 Å / Num. obs: 283379 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.48 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 91.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: OTHER Starting model: NONE Resolution: 2.339→49.252 Å / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.15 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.339→49.252 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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