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- PDB-2h8q: Crystal Structure of a Redshifted Mutant (K83M) of the Red Fluore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h8q
タイトルCrystal Structure of a Redshifted Mutant (K83M) of the Red Fluorescent Protein dRFP583/dsRed
要素Red fluorescent protein drFP583
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / fluorescent / red shift / GFP / dsRED / bioluminescence
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yarbrough, C.A. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Novel Chromophores and Buried Charges Control Color in mFruits(,).
著者: Shu, X. / Shaner, N.C. / Yarbrough, C.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J.
履歴
登録2006年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The residues Gln 66, Tyr 67 and Gly 68 constitute the chromophore CRQ

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein drFP583
B: Red fluorescent protein drFP583
C: Red fluorescent protein drFP583
D: Red fluorescent protein drFP583


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9794
ポリマ－100,9794
非ポリマー00
水10,449580
1
A: Red fluorescent protein drFP583
B: Red fluorescent protein drFP583

A: Red fluorescent protein drFP583
B: Red fluorescent protein drFP583


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9794
ポリマ－100,9794
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+3/21
Buried area9410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29180 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Red fluorescent protein drFP583
D: Red fluorescent protein drFP583

C: Red fluorescent protein drFP583
D: Red fluorescent protein drFP583


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9794
ポリマ－100,9794
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+5/31
Buried area9470 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.934, 92.934, 431.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is a tetramer generated by the operations: -x+1, y, -z+3/2 for chain A and B; or -0.5x+0.866y, 0.866x+0.5y, -z+5/3 for chain C and D.

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要素

#1: タンパク質
Red fluorescent protein drFP583 / DsRed


分子量: 25244.789 Da / 分子数: 4 / 変異: K83M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
遺伝子: dRFP583 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: Q9U6Y8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M HEPES, 45%MPD dissolved in 1:1 ratio by volume of ~15mg/ml protein, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月23日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 65283 / % possible obs: 86.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 20.7 / Num. unique all: 3742 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 0.248 / % possible all: 50.5

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.825 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.106
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データスケーリング
EPMR2.5位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G7K

1g7k


解像度: 2→5 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 --RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.23 61886 --
obs-56843 80 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.926 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.88 Å22.88 Å20 Å2
2--2.88 Å20 Å2
3----5.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7044 0 0 580 7624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019107000.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.966140361.4
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.79267280
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0141562
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01718965
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.06419110
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.61106721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-ID
2-2.07X-RAY DIFFRACTION
2.07-2.15X-RAY DIFFRACTION
2.15-2.25X-RAY DIFFRACTION
2.25-2.37X-RAY DIFFRACTION
2.37-2.52X-RAY DIFFRACTION
2.52-2.71X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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