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- PDB-3vic: Green-fluorescent variant of the non-fluorescent chromoprotein Rtms5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vic
タイトルGreen-fluorescent variant of the non-fluorescent chromoprotein Rtms5
要素GFP-like non-fluorescent chromoprotein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Beta Barrel / Beta Can / GFP / Pocilloporin / Chromoprotein / Pigment / Fluorescent / Anthozoa / Acylimine / Peptide-derived chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / GFP-like non-fluorescent chromoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Montipora efflorescens (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Battad, J.M. / Traore, D.A.K. / Byres, E. / Wilce, M. / Devenish, R.J. / Rossjohn, J. / Prescott, M.
引用ジャーナル: Plos One / : 2012
タイトル: A Green Fluorescent Protein Containing a QFG Tri-Peptide Chromophore: Optical Properties and X-Ray Crystal Structure.
著者: Battad, J.M. / Traore, D.A. / Byres, E. / Rossjohn, J. / Devenish, R.J. / Olsen, S. / Wilce, M.C. / Prescott, M.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
E: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
F: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
G: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
H: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,59632
ポリマ-217,0148
非ポリマー1,58224
25,9961443
1
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,55218
ポリマ-108,5074
非ポリマー1,04514
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
2
E: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
F: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
G: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
H: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,04414
ポリマ-108,5074
非ポリマー53710
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area31910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.271, 186.060, 185.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 8 - 223 / Label seq-ID: 23 - 236

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH

-
要素

#1: タンパク質
GFP-like non-fluorescent chromoprotein / Non-fluorescent pocilloporin / Rtms 5


分子量: 27126.717 Da / 分子数: 8 / 変異: Y67F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Montipora efflorescens (無脊椎動物)
プラスミド: pQE9BN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue / 参照: UniProt: P83690
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : I
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1443 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE TYR 67 HAS BEEN MUTATED TO PHE 67. RESIDUES GLN 66, PHE 67 AND GLY 68 CONSTITUTE THE ...RESIDUE TYR 67 HAS BEEN MUTATED TO PHE 67. RESIDUES GLN 66, PHE 67 AND GLY 68 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE QFG 66.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG 3350, 0.34M POTASSIUM IODIDE, 0.2M TRIS, PH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→117.04 Å / Num. obs: 130290

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOU
解像度: 2.2→54.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 9.161 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20447 6587 5 %RANDOM
Rwork0.15964 ---
obs0.16189 124333 99.97 %-
all-130290 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.41 Å20 Å20 Å2
2---1.9 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13975 0 24 1443 15442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02214534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0221.96419679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35751765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8724.436647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15152379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.691548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.22007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.71738791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.547514241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72175743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.366105432
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / : 1688 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.245
Bloose positional0.195
Cloose positional0.25
Dloose positional0.245
Eloose positional0.215
Floose positional0.235
Gloose positional0.225
Hloose positional0.245
Aloose thermal1.4110
Bloose thermal1.3110
Cloose thermal1.4410
Dloose thermal1.3310
Eloose thermal1.410
Floose thermal1.3110
Gloose thermal1.3910
Hloose thermal1.4610
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 512 -
Rwork0.221 9125 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3238-0.0041-0.43761.4313-0.28122.1482-0.04860.04420.23260.0071-0.01650.2162-0.179-0.20950.06520.27830.0391-0.0490.2045-0.01390.3054-51.66414.3118-47.807
21.2982-0.07740.42911.5333-0.36332.1706-0.0186-0.0959-0.2271-0.02490.01690.23940.1982-0.21620.00180.2505-0.03360.03740.20610.00550.2845-51.4328-17.111-44.0005
31.4752-0.1801-0.31561.65570.37952.0902-0.0524-0.03070.3154-0.02390.045-0.2584-0.19820.23910.00740.2678-0.0519-0.03720.21630.00870.3086-21.192814.8197-43.704
41.31410.11920.53281.30970.42442.0396-0.02710.0704-0.20830.00940.0309-0.20670.16170.236-0.00380.23850.04280.0330.22010.00810.2713-20.7128-16.8729-45.4372
51.31360.5465-0.10132.0952-0.40951.4727-0.0521-0.2244-0.06530.11820.0546-0.20070.02310.1932-0.00250.23640.049-0.03430.2579-0.02250.2285-58.40343.8991-76.687
61.403-0.63520.07561.9676-0.3231.4243-0.00670.23820.0722-0.20060.0103-0.16210.02290.1616-0.00360.2812-0.04180.03650.2497-0.01060.2201-59.709947.9004-108.005
71.412-0.3844-0.13271.95570.45241.6806-0.04910.2808-0.0449-0.23370.01670.2337-0.0505-0.31180.03240.2859-0.0372-0.06470.29720.00050.2413-90.323845.3119-106.7449
81.55830.56070.02462.03580.41461.6952-0.0465-0.2440.05290.14510.04830.230.0486-0.2141-0.00180.24150.03490.02070.25490.00860.2361-89.003946.981-75.1021
94.2127-3.0277-3.014614.109314.14814.1870.03760.11350.0828-0.1517-0.0245-0.0087-0.1555-0.0184-0.01310.40550.05620.05470.3167-0.06580.3085-16.6179-30.3897-61.1697
101.8233-0.95941.055810.5344-10.626610.72410.20430.3731-0.4946-0.206-0.05970.11650.21810.0766-0.14460.42860.0818-0.07850.32380.04570.33-54.712927.197-64.1872
114.90242.42161.314410.53468.9717.76830.0211-0.1715-0.20590.1109-0.0209-0.03940.10390.0093-0.00020.464-0.0638-0.09280.2885-0.05510.3442-18.526528.6191-28.0384
120.07710.01490.04170.06550.01550.0676-0.02180.0115-0.0667-0.0243-0.03680.08140.0395-0.01120.05860.3627-0.02590.04530.3429-0.00580.3838-76.71862.2347-73.9461
130.26190.02820.310.00510.03130.3710.01890.0029-0.0321-0.02560.00840.00290.055-0.0016-0.02730.42150.0094-0.04320.34660.0040.1422-36.1909-7.49-45.0433
140.4477-0.25380.25130.1617-0.14940.15360.01280.01270.00940.0327-0.02770.0695-0.02690.06520.01490.34660.030.05160.3763-0.00090.4201-54.830915.4946-74.9511
150.0258-0.03510.02160.0756-0.05560.0435-0.0035-0.03050.05550.01860.0054-0.0298-0.0052-0.0024-0.00180.3529-0.02220.04710.3637-0.00830.2378-55.914516.1772-62.9572
162.43050.14391.47780.04010.0970.9022-0.16590.04780.0244-0.06120.12840.0208-0.14050.05440.03750.3277-0.047-0.07520.4350.010.3365-74.015565.7483-90.7401
171.1639-0.84290.81540.6567-0.63710.6559-0.2491-0.21250.16480.30750.13690.0008-0.34860.03490.11220.3701-0.1420.0310.6116-0.10930.5606-54.928921.1445-69.6497
180.2418-0.18780.16930.1657-0.16590.22860.0117-0.10720.1086-0.06610.058-0.02010.0050.0364-0.06960.362-0.027-0.06840.3892-0.05710.3227-55.870521.8616-68.0927
190.25590.02580.45310.00570.05080.85010.1952-0.0498-0.17210.01930.0692-0.01980.4418-0.0131-0.26440.68880.0515-0.07350.51450.00590.1199-36.2299-11.7824-44.8458
203.17580.07434.4391.51730.07876.2066-0.1088-0.07990.14180.0868-0.06050.2872-0.1428-0.09690.16940.20750.0126-0.14220.3657-0.01660.5825-74.08758.7458-91.0186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 223
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 223
7X-RAY DIFFRACTION7H8 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8G8 - 223
9X-RAY DIFFRACTION9D226 - 227
10X-RAY DIFFRACTION10A226
11X-RAY DIFFRACTION10E226
12X-RAY DIFFRACTION11C226 - 227
13X-RAY DIFFRACTION12H226
14X-RAY DIFFRACTION12B226
15X-RAY DIFFRACTION13B227
16X-RAY DIFFRACTION13D228
17X-RAY DIFFRACTION14C228
18X-RAY DIFFRACTION14G226
19X-RAY DIFFRACTION15A227
20X-RAY DIFFRACTION15F226
21X-RAY DIFFRACTION16H227
22X-RAY DIFFRACTION16E227
23X-RAY DIFFRACTION17A228
24X-RAY DIFFRACTION17E228
25X-RAY DIFFRACTION18H228
26X-RAY DIFFRACTION18C229
27X-RAY DIFFRACTION19B228
28X-RAY DIFFRACTION19D229
29X-RAY DIFFRACTION20G227
30X-RAY DIFFRACTION20F227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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