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- PDB-2p4m: High pH structure of Rtms5 H146S variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p4m
タイトルHigh pH structure of Rtms5 H146S variant
要素GFP-like non-fluorescent chromoprotein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / GFP-like protein / chromophore / chromoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / GFP-like non-fluorescent chromoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Montipora efflorescens (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Battad, J.M. / Wilmann, P.G. / Olsen, S. / Byres, E. / Smith, S.C. / Dove, S.G. / Turcic, K.N. / Devenish, R.J. / Rossjohn, J. / Prescott, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: A structural basis for the pH-dependent increase in fluorescence efficiency of chromoproteins
著者: Battad, J.M. / Wilmann, P.G. / Olsen, S. / Byres, E. / Smith, S.C. / Dove, S.G. / Turcic, K.N. / Devenish, R.J. / Rossjohn, J. / Prescott, M.
履歴
登録2007年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
E: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
F: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
G: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
H: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,76732
ポリマ－198,7228
非ポリマー3,04624
水22,6631258
1
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,26419
ポリマ－99,3614
非ポリマー1,90415
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10220 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area32080 Å2
手法PISA
2
E: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
F: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
G: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
H: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,50313
ポリマ－99,3614
非ポリマー1,1429
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.750, 186.319, 185.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
GFP-like non-fluorescent chromoprotein / Rtms 5 / Non-fluorescent pocilloporin


分子量: 24840.211 Da / 分子数: 8 / 変異: H146S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Montipora efflorescens (無脊椎動物)
株: Nova Blue / 遺伝子: Rtms5 / プラスミド: pQE10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83690
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS BELIEVE THAT LYS A 36 IS CORRECT. GLN 66, TYR 67 AND GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE ...THE AUTHORS BELIEVE THAT LYS A 36 IS CORRECT. GLN 66, TYR 67 AND GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHORE (CRQ 66).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.7
詳細: PEG 3350, Potassium Iodide, Tris Buffer, pH 10.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 243612 / % possible obs: 90.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MOV

1mov


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.522 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 8796 4 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.227 219698 90.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.767 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13920 0 24 1258 15202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02214352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9891.97119409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7551728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44224.615624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.363152352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1441540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.26153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.29273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3440.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2261.58729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.376214024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.60336439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9844.55385
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 379 -
Rwork0.358 9891 -
obs-10270 57.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29460.13970.93391.9127-0.05941.78130.0225-0.014-0.28970.0312-0.0105-0.1470.19690.1344-0.012-0.11160.04110.0636-0.1412-0.0191-0.091129.974163.647442.2212
20.7152-0.01920.18121.29330.3891.7968-0.05370.0255-0.08130.02950.0124-0.16550.01630.13990.0412-0.16910.00910.0155-0.14490.0186-0.1392129.726174.456246.7195
32.1591-0.3363-0.61291.36220.21282.0324-0.02030.09390.2292-0.0725-0.0587-0.1024-0.34880.10060.079-0.0166-0.056-0.1039-0.1379-0.0197-0.0309129.5959211.125952.0528
40.6610.0956-0.04441.25260.26271.9382-0.0923-0.0350.1192-0.009-0.0028-0.1557-0.1020.19690.0951-0.1415-0.0229-0.0443-0.14350.0214-0.1114129.4019200.306547.5351
52.24730.00450.63682.0487-0.19021.53640.04830.0829-0.2027-0.12180.02220.21530.2742-0.1136-0.0705-0.0835-0.05440.0343-0.12780.0136-0.079498.8414162.873651.132
60.81910.02690.11511.3498-0.43411.9796-0.0285-0.0034-0.1021-0.07810.03890.20820.0223-0.1557-0.0104-0.1621-0.01480.0002-0.1583-0.0061-0.110598.7723173.995347.386
71.9730.1051-0.72351.8535-0.27771.66790.029-0.02860.25370.14860.03970.2353-0.2251-0.1493-0.0688-0.09010.0377-0.047-0.13940.0152-0.028997.9023210.923744.7591
80.70250.0536-0.30951.5465-0.43411.769-0.01880.0410.10030.09420.05170.214-0.0203-0.1796-0.0329-0.16240.0216-0.0157-0.1453-0.0109-0.102798.3414199.812948.5004
92.4475-0.5-0.09692.22130.29181.796-0.10020.26670.1647-0.35130.0290.2265-0.2284-0.21090.0712-0.0064-0.0548-0.1028-0.04750.0002-0.114860.6948136.132370.5805
100.71-0.0672-0.02151.86470.53421.4504-0.04030.09290.0096-0.12920.00380.2195-0.0721-0.2380.0366-0.113-0.0238-0.0649-0.09870.0216-0.129561.4448140.00881.6408
111.83960.27060.43342.20290.13941.53010.067-0.2706-0.01450.2741-0.0350.21550.0353-0.1286-0.0321-0.11330.04610.0305-0.0622-0.0132-0.134662.8413143.0244118.4923
120.77130.2608-0.13261.89160.31141.55-0.0461-0.08710.0424-0.04480.03060.17770.0469-0.16750.0155-0.19370.0172-0.0108-0.12060.0158-0.138862.5587139.1632107.4235
132.0324-0.84190.18782.0046-0.3051.35710.03460.2198-0.059-0.3313-0.0071-0.09710.10450.099-0.0275-0.0535-0.050.028-0.10660.0065-0.160592.1822143.830969.4623
140.6611-0.1530.0681.8301-0.4971.3314-0.00360.05380.0313-0.10450.0169-0.09360.09030.1391-0.0133-0.1291-0.0110.015-0.146-0.013-0.168592.4033139.380980.3092
152.61940.89290.13891.8814-0.05461.85080.0123-0.23390.06990.2465-0.011-0.187-0.07240.1517-0.0013-0.1310.0501-0.0454-0.1102-0.0076-0.132194.2055134.2822116.9189
160.65620.21650.07871.6788-0.34931.3908-0.0447-0.0867-0.0041-0.03390.0319-0.1208-0.0360.13740.0128-0.18640.0197-0.0113-0.1267-0.0247-0.157193.6228138.7582106.1132
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 651 - 61
22AA69 - 22563 - 219
33BB5 - 651 - 61
44BB69 - 22563 - 219
55CC5 - 651 - 61
66CC69 - 22563 - 219
77DD5 - 651 - 61
88DD69 - 22563 - 219
99EE5 - 651 - 61
1010EE69 - 22563 - 219
1111FF5 - 651 - 61
1212FF69 - 22563 - 219
1313GG5 - 651 - 61
1414GG69 - 22563 - 219
1515HH5 - 651 - 61
1616HH69 - 22563 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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