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- PDB-1zgq: Crystal Structure of the Discosoma Red Fluorescent Protein (DsRed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zgq
タイトルCrystal Structure of the Discosoma Red Fluorescent Protein (DsRed) Variant Q66M
要素Red fluorescent protein drFP583
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / RFP / red / fluorescent protein / DsRed / drFP583 / chromophore / GFP / coral / beta barrel / beta can
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystallographic structures of discosoma red fluorescent protein with immature and mature chromophores: linking Peptide bond trans-cis isomerization and acylimine formation in chromophore maturation.
著者: Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
履歴
登録2005年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE RESIDUES MET 66, TYR 67, GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHORE NRQ 66.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein drFP583
B: Red fluorescent protein drFP583
C: Red fluorescent protein drFP583
D: Red fluorescent protein drFP583
E: Red fluorescent protein drFP583
F: Red fluorescent protein drFP583
G: Red fluorescent protein drFP583
H: Red fluorescent protein drFP583
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,46216
ポリマ－207,6138
非ポリマー8498
水28,1751564
1
A: Red fluorescent protein drFP583
B: Red fluorescent protein drFP583
C: Red fluorescent protein drFP583
D: Red fluorescent protein drFP583
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3379
ポリマ－103,8074
非ポリマー5315
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14460 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area32040 Å2
手法PISA
2
E: Red fluorescent protein drFP583
F: Red fluorescent protein drFP583
G: Red fluorescent protein drFP583
H: Red fluorescent protein drFP583
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1257
ポリマ－103,8074
非ポリマー3183
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13670 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area32360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.235, 87.981, 161.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Red fluorescent protein drFP583 / DsRed


分子量: 25951.666 Da / 分子数: 8 / 変異: Q66M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9U6Y8
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PEG 8000, sodium chloride, phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.999 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 162657 / Num. obs: 157512 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→37.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 230636.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 7494 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.194 157512 --
obs0.194 148662 91.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 12.5442 Å2 / ksol: 0.312782 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14330 0 0 1620 15950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.072.5
LS精密化 シェル最高解像度: 1.9 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork19679 -
Rfree-5.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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