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万見
- PDB-1zgp: Crystal Structure of the Discosoma Red Fluorescent Protein (DsRed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zgp
タイトルCrystal Structure of the Discosoma Red Fluorescent Protein (DsRed) Variant K70M
要素Red fluorescent protein drFP583
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / RFP / red / fluorescent protein / DsRed / drFP583 / chromophore / GFP / coral / beta barrel / beta can
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystallographic structures of discosoma red fluorescent protein with immature and mature chromophores: linking Peptide bond trans-cis isomerization and acylimine formation in chromophore maturation.
著者: Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
履歴
登録2005年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE RESIDUES GLN 66, TYR 67, GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHORE CRQ 66.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein drFP583
B: Red fluorescent protein drFP583
C: Red fluorescent protein drFP583
D: Red fluorescent protein drFP583


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8024
ポリマ－103,8024
非ポリマー00
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9690 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area33460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.280, 57.228, 71.543
Angle α, β, γ (deg.)89.74, 100.25, 92.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Red fluorescent protein drFP583 / DsRed


分子量: 25950.615 Da / 分子数: 4 / 変異: K70M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9U6Y8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 70351 / Num. obs: 59952 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→32.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 513261.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2903 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.226 59952 --
obs0.226 57578 81.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.1012 Å2 / ksol: 0.359937 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7160 0 0 331 7491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.59
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.342.5
LS精密化 シェル最高解像度: 1.9 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork8336 -
Rfree-5.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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