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Yorodumi- PDB-6d9y: Crystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d9y | ||||||
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Title | Crystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum with partially occupied NAD | ||||||
Components | Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / NAD / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Paraburkholderia phymatum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum with partially occupied NAD Authors: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d9y.cif.gz | 225.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d9y.ent.gz | 178.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d9y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4nbvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 27622.654 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (bacteria) Strain: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / Gene: Bphy_3470 / Plasmid: BuphA.00010.x.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: B2JLJ0, Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With a flavin as acceptor |
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-Non-polymers , 5 types, 643 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Chemical | ChemComp-NAD / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 21.18 mg/mL BuphA.00010.x.B1.PS37816 + 4 mM NADP + MORPHEUS G2 (269916g2) (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 100 mM MES imidazole, pH 6.5, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium ...Details: 21.18 mg/mL BuphA.00010.x.B1.PS37816 + 4 mM NADP + MORPHEUS G2 (269916g2) (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 100 mM MES imidazole, pH 6.5, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM trisodium citrate, 20 mM sodium potassium-L-tartrate, 20 mM sodium oxamate), direct cryoprotection, puck xut9-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. obs: 143395 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.635 % / Biso Wilson estimate: 9.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 13.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4NBV Resolution: 1.3→50 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 13.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.03 Å2 / Biso mean: 16.2702 Å2 / Biso min: 4.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→50 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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