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- PDB-3rro: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rro | ||||||
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Title | Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG) from Vibrio cholerae | ||||||
![]() | 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FabG / acyl carrier protein / Cell Plasma | ||||||
Function / homology | ![]() 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hou, J. / Chruszcz, M. / Cooper, D.R. / Grabowski, M. / Zheng, H. / Osinski, T. / Shumilin, I. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae. Authors: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 201.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 161.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 472.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 476.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3op4SC ![]() 3rshC ![]() 3tzcC ![]() 3tzkC ![]() 3u09C ![]() 4i08C ![]() 4wjzC ![]() 4wk6C ![]() 5endC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
|
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 26358.113 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: N16961 / Gene: VCD_002346 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: C3NP04, UniProt: Q9KQH7*PLUS, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase |
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-Non-polymers , 6 types, 221 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.1M Tris pH9, 5% Tacsimate, 2.6M Ammonium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2011 / Details: Mirrors | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2→25 Å / Num. all: 29605 / Num. obs: 29605 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.9 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1455 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3OP4 Resolution: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.509 / SU ML: 0.08 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.03 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.23 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→25 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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